Teadusprojektid

Siit leiad teadusprojektide nimekirja, millega sai liituda õppeaastaks 2024/2025. Projektide nimekiri täiendab kuni 1. maini.

Bakterite antimikroobse resistentsuse ja virulentsuse ennustamine DNA abil

Struktuuriüksus:
Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut, bioinformaatika õppetool
Noortega tegelevad uurimisrühma liikmed:
Maido Remm (maido.remm@ut.ee)
Projekti teema lühikirjeldus:
Patogeensete bakterite DNA järjestuse määramine on suhteliselt odav ja laialt levinud tehnoloogia. Bakterite genoomi järjestuse alusel on teoreetiliselt võimalik ennustada kõiki selle bakteri omadusi. Meid huvitab antimikroobse resistentsuse (millise ravimiga saab patsienti ravida) ja virulentsuse (kui tõsiseid haigusnähte antud tüvi võib tekitada) ennustamine genoomse DNA järjestuse abil. Oleme koostanud tarkvara PhenotypeSeeker, mis suudab ennustada bakterite omadusi ja testinud seda kahte tüüpi antimikroobse resistentsuse määramisel. Meetodit oleks vaja edasi arendada rohkemate antibiootikumide resistentsuse ennustamiseks ning samuti keerukamate koosluste uurimiseks (näiteks inimese mikrobioom või inimese veres leiduv rakuvaba DNA).
Projektist avalikkuses:
https://novaator.err.ee/876348/tartu-teadlaste-uudne-arvutusmeetod-tuvastab-superbakterite-pahad-geenid
https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1006434
https://www.nature.com/articles/s41564-019-0424-7
https://github.com/bioinfo-ut/PhenotypeSeeker
Pakutavad ülesanded
Ülesanded ja töökoormus vastavalt huvidele ja võimalustele. Peamine töö käib meil arvutitega (sh. suurte arvutusserveritega) Linux tekstiterminali kaudu. Katsume töö korraldada grupitööna, et kõik grupi liikmed leiaksid endale sobiva töölõigu.
Osalema oodatud
Tudengid geenitehnoloogia, arvutiteaduse, matemaatilise statistika või meditsiiniga seotud õppekavadelt

 

Eesti hundi populatsioonigeneetika

Struktuuriüksus:
Tartu Ülikooli Ökoloogia ja maateaduste instituut, terioloogia töörühm
Noortega tegelevad uurimisrühma liikmed:
Maris Hindrikson (maris.hindrikson@ut.ee)
Kristiina Amur (kristiina.amur@ut.ee)
Projekti teema lühikirjeldus:
Eesti hundipopulatsiooni populatsioonigeneetiline analüüs on vajalik, et mõista asurkonna praegust seisundit, sealhulgas mitmekesisust ning migratsiooni hulka Venemaaga. Varasemates uuringutes oleme näidanud meie asurkonna kõrget geneetilist mitmekesisust, aga Euroopa ühe kõrgeima jahisurvega (üle 30% Eesti hundiasurkonna koguarvust) ning Vene piirile ehitatavate piiriaedade taustal on oluline välja selgitada praegune seisund ning geneetiline seos Venemaa asurkonnaga.
Pakutavad ülesanded
Ülesanded ja töökoormus vastavalt huvidele ja võimalustele. Laboritöö: hundiproovide genotüpiseerimine mikrosatelliitmarkeritega (n=35), statistiline analüüs. Töörühmas võimalik lisaks ka välitöödel osaleda
Osalema oodatud
Tudengid bioloogia ja elustiku kaitse ning, matemaatilise statistika erialadelt

 

Füüsikateadlikud masinõppe meetodid

Struktuuriüksus
Tartu Ülikooli füüsika instituut, sensortehnoloogiate labor
Noortega tegelevad uurimisrühma liikmed:
Taavi Repän (taavi.repan@ut.ee)
Projekti teema lühikirjeldus
Tehisnärvivõrke kasutatakse palju, seda ka füüsikas, kus rakendusi on mitmeid, üheks näiteks paljude seast võib tuua nn arvutusmahukate simulatsioonide asendamise tehisnärvivõrkudega (fast surrogate solvers), ehk siis kasutatakse treenitud närvivõrku, mis annab küll kõigest ligikaudse vastuse, aga seda palju kiiremini. Eeldusel, et vastus on piisavalt täpne on siiski vaja ka, et treeningandmete loomiseks ning tehisnärvivõrkude treenimiseks kuluv ressurss ei oleks ebamõistlikult suur. Vastasel korral oleks kokkuvõttes efektiivsem kasutada klassikalisi simulatsioone. Siin kerkibki küsimus, et kuidas närvivõrkudele “anda kaasa” füüsikateadmisi, selleks, et saavutada sama arvutustäpsus vähemate treeningandmetega/arvutusressursiga. Selleks on erinevaid lähenemisi, kuidas seda üritada. Selle projekti eesmärgiks ongi nende lähenemiste uurimine ja arendamine.
Pakutavad ülesanded
programmeerimisoskus võiks juba olemas olla, ajakulu kohta ei oska kommenteerida, sõltub üliõpilase enda soovidest, ranget ajakava ei ole
Osalema oodatud
2 füüsika-, keemia ja materjaliteaduse õppekava tudengit

 

Galaxy bars and lopsidedness

Struktuuriüksus:
Tartu Observatory
Noortega tegelevad uurimisrühma liikmed:
Rain Kipper (rain.kipper@ut.ee)
Aikaterini Niovi Triantafyllaki(aikaterini.niovi.triantafyllaki@ut.ee)
Projekti teema lühikirjeldus:
Galaxy bars and lopsidedness are both signs of the galactic disc being unstable. Mostly, these non-stabilities are treated as independent, but there is no evidence this is the correct approach for this studies. In this thesis topic we propose to investigate through image processing and statistics the galaxy bars and lopsided levels and to see if these correlate.
Pakutavad ülesanded
We have proposed these as thesis, but we can do the basic science work with the first year students and see how much they can advance from there, and maybe if they are interested delve into this further. The projects will be conducted in English.
Osalema oodatud
One or two students preferably physics, computer science, or mathematics.

 

Gravitational behavior of timelike worldlines

Struktuuriüksus:
Laboratory of Theoretical Physics
Noortega tegelevad uurimisrühma liikmed:
Vasiliki Karanasou (vasiliki.karanasou@ut.ee)
Projekti teema lühikirjeldus:
General Relativity, the famous theory of Einstein, has changed the way we envisage time, space and gravity. Time and space are not considered as independent and absolute entities anymore, but they form a 4-dimensional continuum, the spacetime. Gravity is not considered as a force anymore. It is the result of the curvature of the spacetime because of the presence of matter. The aim of this project is the study of the kinematics of timelike worldlines which define the orbits of massive particles or real observers in the spacetime. We wish to determine how such orbits evolve in time and under which conditions they converge or diverge. In order to do so, we have to derive and study the Raychaudhuri equation which is the fundamental equation of gravitational expansion/collapse and it is related with the existence of singularities as well as the expansion of the universe.
Pakutavad ülesanded
During our collaboration, the supervisor would recommend one meeting per week. The student will go through some mathematical calculations under guidance to derive some fundamental equations, which we will try to interpret physically. After the successful completion of the project, the student should comprehend the basic ideas and mathematics of General Relativity and should be able to explain the process and the results of the specific project.
Osalema oodatud
One student preferably physics, or mathematics.

 

Hundi-koera hübridiseerumise määramine eri markeritega

Struktuuriüksus:
Tartu Ülikooli Ökoloogia ja maateaduste instituut, Terioloogia töörühm
Noortega tegelevad uurimisrühma liikmed:
Maris Hindrikson (maris.hindrikson@ut.ee)
Kirke Raidmets (kirke.raidmets@ut.ee)
Projekti teema lühikirjeldus:
Hundi-koera hübridiseerumise (ja tagasiristumise ehk introgressiooni) määramine erinevate geneetiliste markeritega. Viimastel aastatel on hübriidide määramisel seni kasutusel olnud mikrosateliitmarkerite ja mt-DNA ning Y-kromosoomi markerite juurest liigutud ülegenoomsete metoodikate juurdee, kus kasutusel näiteks SNP-d (ühenukleotiidsed polümorfismid) või terve täisgenoom. Üliõpilane saab teoreetilise tausta hübridiseerumise mehhanismidest ning võrrelda eri metoodikate täpsust hübriidide määramisel.
Pakutavad ülesanded
Ülesanded ja töökoormus vastavalt huvidele ja võimalustele. Analüüsid on genoomipõhistel andmetel, tegemist peamiselt bioinformaatiliste analüüsidega. Töörühmas võimalik lisaks ka välitöödel osaleda.
Osalema oodatud
Tdengid bioloogia ja elustiku kaitse, matemaatilise statistika ja informaatika erialadelt.

 

Inimtegevuse kliimamõju tugevuse täpsustamine

Struktuuriüksus:
Tartu Ülikooli füüsika instituut
Noortega tegelevad uurimisrühma liikmed:
Velle Toll (velle.toll@ut.ee)
Projekti teema lühikirjeldus:
Oleme avastanud uudsed tõendid tugevate õhusaasteallikate mõjust pilvedele (Joonis 1). Projektis uurid vaatluslikke tõendeid, kuidas inimtekkelised õhusaaste osakesed mõjutavad pilvede omadusi ja Maa kliimat. Andmeallikaks on satelliitkaugseire andmed ja  analüüsiks kasutad python keskkonda Tartu Ülikooli teadusarvutuskeskuse superarvutil.
Töö aitab paremini mõista seni suuresti mõistatuslikuks jäänud inimtekkelise kliimamõju komponenti: õhusaaste osakeste kliimamõju (Toll jt 2019, Nature https://doi.org/10.1038/s41586-019-1423-9). Õhusaasteosakesed jahutavad Maa kliimat ja kompenseerivad osaliselt inimtekkeliste kasvuhoonegaaside soojendavat kliimamõju. Töö laiem eesmärk on täpsustada inimtegevuse kliimamõju tugevust, et oleks võimalik koostada senisest usaldusväärsemaid tuleviku kliima prognoose. 
Pakutavad ülesanded
Tööks kasutad kaasaegset satelliitandmeid koondavat NASA worldview veebirakendust ja interaktiivset jupyterlab andmeanalüüsi keskkonda. Töökoormus on paindlik vastavalt üliõpilase võimalustele. Projekt on mõeldud kuni kolmele tudengile.
Osalema oodatud
Ootame loodus- ja täppisteaduste üliõpilasi (nt füüsika, keemia ja materjalidteaduse, geoloogia ja keskkonnatehnoloogia, informaatika või geograafia erialalt), kel on huvi kliimauuringute vastu.

 

Kuidas mõjutab kolesterool ravimite interakteerumist ravimimärklauaga?

Struktuuriüksus:
Tartu Ülikooli keemia instituut
Noortega tegelevad uurimisrühma liikmed:
Anni Allikalt (anni.allikalt@ut.ee)
Tõnis Laasfeld
Projekti teema lühikirjeldus:
Uute ravimite loomisel on oluline  uurida kuidas ravimid toimivad. Selle projekti raames uuritakse ravimite ja nende märklaudade (retseptorvalkude) omavahelise interaktsiooni tugevust. Seda interaktsiooni võivad mõjutada ka erinevad organismis leiduvad molekulid, näiteks kolesterool. Kuigi meedias on palju juttu kõrgest kolesteroolitasemest ja selle ebatervislikkusest, siis õige kogus kolesterooli on organismide elutegevuseks kriitiliselt oluline. Antud projekti raames saad uurida kuidas kolesterooli lisamine ravimi ja märklaua vahelist interaktsiooni mõjutab. Selleks saad toota retseptorvalke inimestele ohutute viiruste pinnal kas koos või  ilma kolesteroolita ning võrrelda kas ja kuidas see ravimite toimet mõjutab. Selle projekti raames saab õppida rakukultuuriga töötamist, viia läbi valkude tootmist viirustes, mõõta valgu ja ravimi omavahelist interaktsiooni kasutades selleks optilisi analüüsimeetodeid, nagu fluorestsentsspektroskoopia ja mikrosoopia, ja tutvuda katsetulemuste analüüsimisega.
Pakutavad ülesanded
Projekt võimaldab väga paindlikku töögraafikut ja töömaht sõltub suures osas sellest kui süvitsi tudeng soovib antud temaatikaga tegeleda. Töökale tudengile on võimalik maksta ka stipendiumit.
Osalema oodatud
1 tudeng füüsika, keemia, materjaliteaduse, geenitehnoloogia või bioloogia erialalt

 

Lopsided galaxies

Struktuuriüksus:
Tartu Observatory
Noortega tegelevad uurimisrühma liikmed:
Rain Kipper (rain.kipper@ut.ee)
Aikaterini Niovi Triantafyllaki(aikaterini.niovi.triantafyllaki@ut.ee)
Projekti teema lühikirjeldus:
Lopsided galaxies are a possible new tool to study the dark matter distribution in the Universe, but only in case if the lopsidedness of the galaxy is caused by dynamical friction. Friction is expected when galaxy is moving and accelerating toward the heaviest object in the vicinity -- possibly a big galaxy cluster. With this thesis topic, we propose to study the opportunity if lopsided galaxy tail could be directed to the closest clusters and if the dynamical friction could be the culprit of lopsidedness
Pakutavad ülesanded
We have proposed these as thesis, but we can do the basic science work with the first year students and see how much they can advance from there, and maybe if they are interested delve into this further. The projects will be conducted in English.
Osalema oodatud
One or two students preferably physics, computer science, or mathematics.

 

Robot Study Companion (RSC) for University Students

Struktuuriüksus:
UT Institute of Technology
Noortega tegelevad uurimisrühma liikmed:

Farnaz Baksh, Junior Research Fellow (farnaz.baksh@ut.ee)
Karl Kruusamäe, Associate Professor of Robotics

Projekti teema lühikirjeldus:

Robot Study Companion (RSC): Your Personalised Learning Robot

The RSC project aims to develop a social robot companion specifically designed to support university students. We aim to bring together students from diverse backgrounds to collaborate with mentors in robotics. Through this initiative, students will gain valuable hands-on experience, applying their theoretical knowledge to create a practical solution.

The objective is to develop further and enhance the existing RSC prototype developed last year to become a fully personalized learning assistant for university students. Imagine if each student can have their physical study buddy that offers them guidance and support throughout their academic journey. If this sounds interesting, then join us in shaping the future of robotics education!

Projektist avalikkuses

Bronze Prize at Student Design Competition: https://2023.hci.international/Student_Design_Competition-Awards.html 

Feature on Make Magazine: https://makezine.com/article/maker-news/open-source-hardware-certifications-december-and-january/ 

Pakutavad ülesanded

The tasks assigned to students will vary based on their interests and the skills they aim to acquire. Generally, students can expect to be involved in activities such as:

  • Contributing to developing and enhancing the RSC prototype, focusing on Mechanics, Electronics or Software.
  • Collaborating with mentors and team members to brainstorm ideas and solve technical challenges.
  • Sharing findings/work done to our RSC open-source platform.

We expect students to dedicate at least 3 hours per week to the project.

Osalema oodatud

ALL students are invited to the project, regardless of their field. We are looking for students who are eager to learn and ready to take the initiative. Ideally, the roles will be in the following areas:

  • Engineers: Electronics, 3D Modeling & Printing 
  • Programmers | Software Developers (Python, Web Development, etc)
  • Philosophy students interested in Social Robotics research

We are willing to supervise a max of 10 students.

 

Star formation clumps on jellyfish galaxies

Struktuuriüksus:
Tartu Observatory
Noortega tegelevad uurimisrühma liikmed:
Rain Kipper (rain.kipper@ut.ee)
Aikaterini Niovi Triantafyllaki(aikaterini.niovi.triantafyllaki@ut.ee)
Projekti teema lühikirjeldus:
The environment around the galaxy is pushing the gas away creating tails of stars, gas and dust, giving them the image of a "jellyfish". The shape of the tail specifies what the galaxy went through. In this project we want to study the positions of regions for star formation in these tails.
Pakutavad ülesanded
We have proposed these as thesis, but we can do the basic science work with the first year students and see how much they can advance from there, and maybe if they are interested delve into this further. The projects will be conducted in English.
Osalema oodatud
One or two students preferably physics, computer science, or mathematics.

 

Superbubbles

Struktuuriüksus:
Tartu Observatory
Noortega tegelevad uurimisrühma liikmed:
Rain Kipper (rain.kipper@ut.ee)
Aikaterini Niovi Triantafyllaki(aikaterini.niovi.triantafyllaki@ut.ee)
Projekti teema lühikirjeldus:
Superbubbles in galaxies are the results of many stellar explosions -- supernovae. The bubble pushes the gas away from the progenitor supernovae and forms a region devoid of gas. These are not well studied objects and more research in the topic is speeding up. We propose a project to see what stages most of the bubbles are and how many stellar explosions are needed to produce these objects.
Pakutavad ülesanded
We have proposed these as thesis, but we can do the basic science work with the first year students and see how much they can advance from there, and maybe if they are interested delve into this further. The projects will be conducted in English.
Osalema oodatud
One or two students preferably physics, computer science, or mathematics.

 

Suunatud vee difusioon nahakihtides transdermaalsete ravimite manustamiseks 

Struktuuriüksus:
Tartu Ülikooli Ökoloogia ja maateaduste instituut, terioloogia töörühm
Noortega tegelevad uurimisrühma liikmed:
Jörg Pieper (pieper@ut.ee)
Maksym Golub
Projekti teema lühikirjeldus:
Nahk on suurim inimorgan, mis pakub kehale kaitsebarjääri, kuna see näitab olulist vastupanu kemikaalide adsorptsioonile ja läbitungimisele. Siiski peetakse transdermaalset manustamist tänapäeval oluliseks mitteinvasiivseks ravimi manustamise viisiks, seetõttu on olulisi jõupingutusi pühendatud asjakohaste terapeutiliste lähenemisviiside arendamisele. Naha peamist barjäärifunktsiooni omistatakse epidermise pindmisele kihile, mida nimetatakse stratum corneum'iks (SC). SC on heterogeenne membraan, mis füsioloogilistes tingimustes omab tüüpilist koostist: 20% lipiide, 40% proteiini ja 15–20% vett. Vee difusiooni paralleelselt ja risti SC kihtidega tuleb hinnata neutronite hajumise spektroskoopia andmete modelleerimise teel erinevatel hüdratatsioonitasemetel, arendades sobivaid arvutimudeleid.22-2023. aastal viidi läbi kõiki kolme Baltimaad hõlmav ühisuuring, et välja selgitada ühiskonna suhtumist suurkiskjatesse (hunt, karu ja ilves). Osaleva üliõpilase tööks oleks võrrelda Eesti tulemusi kahel uuringuperioodil: varasem uuring, mis tehti aastatel 2003-2006 ning käesolev uuring 2022-2023. Kahe uuringu vahelisel ajal on nii ühiskonnas, kui ka meie looduses toimunud palju muutusi, mis võivad mõjutada inimeste ja kiskjate suhteid (linnastumise suurenemine, kiskjate arvukuse muutused, intensiivne metsaraie, lambakasvatuse ja mesinduse populaarsuse kasv) ning ilmselt laiemalt ka ühiskonna suhtumist suurkiskjatesse. Ühisuuringu tulemused aitavad kaasa suurkiskjate teaduspõhisele majandamisele ning konfliktide vähendamisele suurkiskjate ja inimese vahel.
Pakutavad ülesanded
Ülesanded ja töökoormus vastavalt huvidele ja võimalustele. Töö osaks on kirjanduse ülevaade ja esitlused, andmeanalüüs arvutuslike mudelitega.
Osalema oodatud
Kaks füüsika, matemaatika või bioloogia (füüsikahuviga) tudengit, kellel on huvi simulatsioonide vastu.

 

Suurkiskjad ja inimene: Eesti inimeste suhtumine suurkiskjatesse muutuva ühiskonna taustal 

Struktuuriüksus:
Tartu Ülikooli Ökoloogia ja maateaduste instituut, terioloogia töörühm
Noortega tegelevad uurimisrühma liige:
Maris Hindrikson (maris.hindrikson@ut.ee)
Projekti teema lühikirjeldus:
2022-2023. aastal viidi läbi kõiki kolme Baltimaad hõlmav ühisuuring, et välja selgitada ühiskonna suhtumist suurkiskjatesse (hunt, karu ja ilves). Osaleva üliõpilase tööks oleks võrrelda Eesti tulemusi kahel uuringuperioodil: varasem uuring, mis tehti aastatel 2003-2006 ning käesolev uuring 2022-2023. Kahe uuringu vahelisel ajal on nii ühiskonnas, kui ka meie looduses toimunud palju muutusi, mis võivad mõjutada inimeste ja kiskjate suhteid (linnastumise suurenemine, kiskjate arvukuse muutused, intensiivne metsaraie, lambakasvatuse ja mesinduse populaarsuse kasv) ning ilmselt laiemalt ka ühiskonna suhtumist suurkiskjatesse. Ühisuuringu tulemused aitavad kaasa suurkiskjate teaduspõhisele majandamisele ning konfliktide vähendamisele suurkiskjate ja inimese vahel.
Pakutavad ülesanded
Ülesanded ja töökoormus vastavalt huvidele ja võimalustele. Projekt võimaldab väga paindlikku töögraafikut ja töömaht sõltub suures osas sellest kui süvitsi tudeng soovib antud temaatikaga tegeleda. Andmed on olemas, töö on peamiselt arvutipõhine, aga töörühmas võimalik lisaks ka välitöödel osaleda.
Osalema oodatud
Tudengid bioloogia ja elustiku kaitse, matemaatilise statistika ja sotsioloogia erialadelt.

 

Tahkeoksiidkütuseelemendi anoodimaterjalide arendamine

Struktuuriüksus
Tartu Ülikooli keemia instituut, füüsikalise keemia õppetool
Noortega tegelevad uurimisrühma liikmed:
Mait Ainsar (mait.ainsar@ut.ee)
Projekti teema lühikirjeldus
Suuremahuliseks vesinikenergeetika rakendamiseks on vaja kautusele võtta kõrge kasuteguriga ja odavad energiamuundamisseadmed: elektrolüüserid (elektrienergia muundamine keemiliseks energiaks, antud juhul vesinikuks) ja kütuseelemente vesinikust elektri tootmiseks. Kõrgtemperatuurseid (töötemperatuur 600 – 1000 °C) tahkeoksiidseid kütuseelemente (TOKE) kasutatkse statsionaarsetes suure võimsusega süsteemides. Oksiidseid segajuhte (juhivad nii oksiidioone kui ka elektrone) peetakse hetkel kõige perspektiivikamateks elektroodimaterjalideks tulenevalt nende heast elektrokeemilisest aktiivsusest ja redoksstabiilsusest mõõdukatel temperatuuridel (~600 °C) muutes võimalikuks odavamate konstruktsioonimaterjalide kasutamise. Seni piirab TOKE-de massilist rakendamist kõrge hind ja ebapiisavad elektroodimaterjalide omadused (stabiilsus, aktiivsus) mõõdukatel temperatuuridel (~600 °C juures).
TÜ kõrgtemperatuursete energiamaterjalide laboris uuritakse segajuhtoksiidseid anoodimaterjale. Valmistatakse ja karakteriseeritakse nii poorseid elektroode (vajalik elektroodi rakenduslike omaduste hindamiseks) kui ka tihedatest mittepoorsetest keraamilistest kihtidest mudelelektroode, mis võimaldavad vesiniku elektrooksüdeerimise reaktsiooni ja elektroodi pinnal toimuvate keemiliste muutuste fundamentaalset analüüsi. Selleks, et mõista elektrokeemiliste muutuste põhjuseid kogutakse segajuhtoksiidide pinnalt töötingimuste-lähedastel tingimustel röntgenfotoelektronspektroskooplist (XPS) informatsiooni.
Tudengitel on võimalus osaleda uuritavate mudelelektroodide ja sama koostisega poorsete elektroodide elektrokeemilise karakteriseerimise ja analüüsi protsessis.
Projektist avalikkuses
https://virtualtour.ut.ee/et/chemicum-sofc-labor?i=sg28 
https://chem.ut.ee/et/sisu/fuusikalise-keemia-oppetool
https://novaator.err.ee/1204945/kolme-minuti-loeng-kodu-saab-valgustada…
https://novaator.err.ee/256486/taiustatud-kutuseelemendid-muutuvad-tarb…
Pakutavad ülesanded
Üks teemadest keskenduks poorsete elektroodide valmistamisele ja karakteriseerimisele: elektroodide valmistamise lähtepulbrite põletussüntees, röntgendifraktogrammi (XRD) mõõtmine sünteesi õnnestumise kontrollimiseks, elektroodi valmistamise lähtepastade valmistamine pulbritest, pastadest elektroodide tegemine, valmistatud elektrokeemiliste rakkude impedantsspektroskoopiline karakteriseerimine töötingimuste-lähedastel tingimustel
Teise teemana on pakkuda tihedakihiliste mudelelektroodide ettevalmistus, elektrokeemiline karakteriseerimine ja tulemuste analüüs st võimalike teoreetiliste elektrokeemiliste ekvivalentskeemmudelite lähendamine eksperimentaalsetele impedantsspektritele. Töökoormus on üliõpilase enda valida. Huvi korral saab uurimisprojekti jätkata lõputööna.
Osalema oodatud
1-3 füüsika, keemia ja materjaliteaduse õppekava tudengit. Lõputöid on kõrgtemperatuursete energiamaterjalide laboris võimalik teha keemia ja materjaliteaduse erialadel, oodatud on ka tudengid kellel pole kindlat plaani meie laboris lõputööd teha kuid on huvi elektrokeemia vastu üldiselt.

 

Tarkvara vabatahtlike süsinikkrediitide elurikkusemõjude hindamiseks

Struktuuriüksus
Tartu Ülikooli ökoloogia ja maateaduste instituut, bioloogia osakond
Noortega tegelevad uurimisrühma liikmed:
Madli Jõks (madli.joks@ut.ee)
Projekti teema lühikirjeldus
Projekti eesmärgiks on luua esimene versioon tarkvarast, mis võimaldaks vabatahtlike süsinikukrediitide müüjatel ja vahendajatel hinnata oma krediitide mõju elurikkusele. Süsinikukrediiditurgu varjutab rohepesumaine, mille taga on enamasti ebakvaliteetsete krediitide negatiivne mõju loodusele. Loodav tarkvara võimaldab krediitide müüjatel oma projektide elurikkusemõjusid hinnata ja neid oma klientidele tõestada. Arendataval tarkvaral on ka teisi võimalikke kasutusalasid, ent esialgse tegutsemisfookuse hoidmiseks oleme valinud potentsiaalseks kliendiks just süsinikkrediitide müüjad ja vahendajad. Selle projekti väljundiks on esimene versioon tarkvarast, mis satelliidipiltidel põhinevate andmekihtide analüüsil suudab väljastada info valdavate ökosüsteemide ja nende seisundi kohta kõikjal maailmas resolutsiooniga 10x10 kuni 100x100 m.
Projektist avalikkuses

https://ut.ee/et/sisu/tartu-ulikool-toetab-uheksat-varsket-aripotentsiaaliga-ideed?fbclid=IwAR1PtG4tfS1SUIz3s_Cevdr-WDX3fsdpqjujThr__Xp4mzwFu937S_ZlkQs

https://fb.watch/qOstg-6p5J/

Pakutavad ülesanded
Vastavalt tudengi soovidele ja huvidele: töö kaardikihtidega (GIS), kirjandusest  ja internetist kaugseire andmete otsimine, aga on võimalik ka õppida programmeerimist R-is või hoopi panustada kasutajaliidese loomisel. Töökoormus mõne täistööpäeva jagu kuus, mida on võimalik jaotada endale sobivalt.
Osalema oodatud
1-2 tudengit, eelistatavalt bioloogia ja elustiku kaitse erialalt, aga ka IT-st, kui on huvi IT-d siduda loodusteadustega.

 

Universumi kaardistamine uue põlvkonna astronoomiliste vaatlustega

Struktuuriüksus
Tartu Ülikooli Tartu observatoorium, galaktikate füüsika ja kosmoloogia osakond
Noortega tegelevad uurimisrühma liikmed:
Elmo Tempel (elmo.tempel@ut.ee)
Projekti teema lühikirjeldus
4MOST on Euroopa Lõuna-observatooriumi järgmise põlvkonna vaatlusprogramm, mis alustab vaatlusi 2025 aasta alguses. Viie-aastase vaatlusprogrammi jooksul vaadeldakse umbkaudu 50 miljonit objekti (tähed, kvasarid, galaktikad, supernoovad, gravitatsiooni läätsed, muutlikud objektid) taevas. Vaatlusprogrammi üheks teaduslikuks eesmärgiks on universumi struktuuri detailne kaardistamine, mis toimub WAVES ja 4HS vaatlusprogrammide kaudu (vt link allpool). Tartu Observatooriumi töörühm on antud teemaga pikalt tegelenud ning uue põlvkonna vaatlusprogrammid võimaldavad viia universumi kaardistamise uuele tasemele. Projektis osaleval noorel on võimalik kaasa lüüa Tartu observatooriumi töögrupi töös ning ta saab olla osaline universumi kosmilise võrgustiku uurimisel.
Projektist avalikkuses
https://www.4most.eu/cms/home/
https://wavesurvey.org
https://4mosthemispheresurvey.github.io
Pakutavad ülesanded
Projekti elluviimine toimub Tartu observatooriumi kosmilise võrgustiku ja galaktikate (Cosmic Web and Galaxies) töörühmas ning üliõpilaselt eeldatakse valmisolekut meeskonnatööks. Üliõpilasele tuleb kasuks mõningane programmeerimiskogemus või valmisolek selle omandamiseks. Üks osa tööst on ka andmete (kosmilise võrgustiku) visualiseerimine. Ajakulu ja töökoormus on kokkuleppeline ning sõltub eelkõige tudengi enda aktiivsusest ja huvist antud teema vastu.
Osalema oodatud
1-2 tudengit füüsika, matemaatika või andmeteaduse õppekavadelt. Oodatud on tudengid, kellel on huvi universumi saladuste vastu ning on huvitatud sel teemal oma lõputöö tegemisest.

Viirustel kuvatud bioluminestseeruvate ravimimärklaudade geenitehnoloogiline loomine ning rakendamine ravimainete läbisõelumiseks

Struktuuriüksus
Tartu Ülikooli keemia instituut
Noortega tegelevad uurimisrühma liikmed:
Anni Allikalt (anni.allikalt@ut.ee)
Tõnis Laasfeld
Projekti teema lühikirjeldus
Tervis ja sellega seotud probleemid on tänapäeva teaduse fookuses. Tihtipeale ei mõelda, et terviseprobleem on kompleksprobleem - haigused põhjustavad stressi nii endale kui ka lähedastele, haiguse tõttu töölt või koolist puuduva inimese sissetulek või haridus ning seeläbi ka ühiskonna üldine edukus kannatavad ning ebaefektiivne ravi ei tähenda mitte ainult suuremat rahalist kulu - arvestatav osa sellest rahast kulub ju ümbertöötlematule laboriplastikule, elektrile, raviaparaatidele, haiguste diagnoosimisel kasutatavatele kemikaalidele jne. Seega ei lahendaks uute paremate ravimite leiutamine mitte ainult terviseprobleeme vaid aitaks võidelda mitmete probleemidega alates kliimast kuni sotsiaalsete probleemideni - parim ressurss on kulutamata ressurss!
Selle projekti raames saad töötada välja uue biosensorsüsteemi, mille abil on võimalik mõõta ravimite ja ravimimärklaudade (retseptoriks nimetatavate valkude) omavahelise interaktsiooni tugevust ehk lihtsustatult kui hea potentsiaalne uus ravimaine võiks olla. Biosensorsüsteemi loomiseks on vaja biosensorit kodeeriv geen liita retseptori geeniga, kasutades selleks erinevaid geenitehnoloogilisi tööriistu. Seejärel on vajalik integreerida saadud uue valgu geen viiruse genoomi ning lõpuks toota rakukultuure kasutades loodud biosensorit oma pinnal kuvavad viirused. Edasi tuleb biosensor kalibreerida ja valideerida ehk tõestada, et sensor töötab ning mõõta parameetrid, mis võimaldavad biosensorit uute ravimainete mõõtmiseks kasutada.
Biosenor ise põhineb bioluminestsentsil, samal nähtusel mida kasutavad helendavad jaaniussid, mistõttu on võimalik projekti käigus kasutada mitut tänapäevast mõõtevahendit sealhulgas spektrofluorimeetrit ja fluorestsentsmikroskoopi. Huvi korral on võimalik õppida ka tulemuste matemaatilist modelleerimist ning mikroskoopiapiltide numbrilist analüüsi kasutades selleks masinõpet ja tehisintellekti.
Pakutavad ülesanded
Projekt võimaldab väga paindlikku töögraafikut ja töömaht sõltub suures osas sellest kui süvitsi tudeng soovib antud temaatikaga tegeleda. Töökale tudengile on võimalik maksta ka stipendiumit.
Osalema oodatud
1 tudeng füüsika, keemia, materjaliteaduse, geenitehnoloogia või bioloogia erialalt

 

Parkinson's disease: Effects upon the brain and the body

Struktuuriüksus
Department of Pharmacology, University of Tartu Institute of Biomedicine and Translational Medicine
Noortega tegelevad uurimisrühma liige

Mahvish Faisal (mahvish.faisal@ut.ee)

Miriam Hickey (miriam.ann.hickey@ut.ee)

Projekti teema lühikirjeldus

Parkinson's disease is the most common neurodegenerative movement disorder. The most well-known symptoms of Parkinson’s disease are slowed movements, tremor and stiff muscles.
Traditionally, Parkinson’s disease (PD) is associated with the loss of dopamine neurons in brain, and indeed, when dopamine is replaced, some of these movement problems are relieved. The mechanism of how neurons die in PD are unclear, but lysosomal dysfunction is important – lysosomes help recycle proteins in cells. 
But PD patients also show problems with smell, sleep and the gastrointestinal tract. Intriguingly, patients have skin complaints even before they are diagnosed, and show increased sensitivity to cold. It is these latter symptoms that most affect quality of life. 
In the Hickey laboratory, we are interested in how Parkinson’s disease affects the skin and how these changes relate to the changes in brain. 
Students will first be trained in basic brain and skin anatomy and histochemical and immunohistochemical techniques. The students will be trained how to analyse their data. The students will then examine pathology in brain and skin cells from models where lysosomes are dysfunctional and will present their results in lab meetings. Thus, students will have a concrete project where they will work on collecting, analysing and reporting data.
Prior research experience is not necessary, as all of the necessary skills will be taught.


Dr Hickey supports public education in science and has organised the first ever Public Science event in Biomeedikum and hopes to make it an annual event. First ever Public Science Education night in Biomeedikum: https://meditsiiniteadused.ut.ee/en/science-night
Event in 2024: https://biomeditsiin.ut.ee/en/content/tartu-science-night 
 

Projektist avalikkuses
https://biomeditsiin.ut.ee/en/content/laboratory-neurodegenerative-dise…;
Pakutavad ülesanded
Students will work with supervisors within the laboratory. The work is flexible and will be organised according to the students’ schedules but approximately 2-3 hours per week is typical. Students will need to have basic spoken English. 
Osalema oodatud
3-4 students are welcome. 
If you are interested in medicine, diseases of the brain and how they affect the entire body, then this project is for you!

 

Diagnostics of malnutrition

Struktuuriüksus
Institute of Internal Medicine, Faculty of Medicine, University of Tartu and Tartu Ülikooli Kliinikum
Noortega tegelevad uurimisrühma liige

Mahvish Faisal (mahvish.faisal@ut.ee)

Miriam Hickey (miriam.ann.hickey@ut.ee)

Projekti teema lühikirjeldus

Malnutrition is present in 20-50% of hospital patients; it increases morbidity, mortality and both the human and financial costs of illness (1,2). 
There are multiple different ways to detect malnourished patients who might need nutritional intervention (3), which implies that no method is perfect. With this in mind, the world's leading clinical nutrition societies agreed on five criteria for defining and diagnosing disease-related malnutrition. These are called the Global Leadership Initiative on Malnutrition (GLIM) criteria, and consist of low body mass index, non-volitional weight loss, reduced muscle mass, reduced food intake/assimilation and presence of an acute disease or inflammatory condition (4). The authors also recommend assessing patients for sarcopenia, which essentially means the addition of a muscle function/performance test to the assessment process (5).

GLIM can predict morbidity, mortality, prolonged hospital stay and need for nutritional intervention (6), and is on its way to becoming an official WHO definition for malnutrition. Despite that, GLIM has not yet been widely adopted in practice and there are several potential reasons why this might be. Firstly, GLIM relies on prior nutrition screening (4). Therefore, it is not possible to properly implement GLIM without first introducing nutrition screening, which, in most healthcare settings, is a challenge in itself. Secondly, GLIM allows assessment of the five criteria with various methods (4,5), and it is not known which combination of these methods achieves the optimal balance between diagnostic accuracy and ease of use. Thus, the implementation of GLIM entails prior screening (with any validated method) and subsequent assessment of those found to be at risk, which includes a muscle mass assessment (from a wide range of methods of considerably varying accuracy, availability and cost), and an (unspecified) muscle function test for the identification of sarcopenia. 
There is therefore a major lack of homogeneity in the practice of GLIM assessment which runs counter to the hope that it would provide a global and generalisable method. These variations in practice inevitably affect the accurate (or at least consistent) detection of malnutrition with the needed high sensitivity and specificity. 
Although many validation studies have now investigated how GLIM performs in assessing different specific patient groups (6,7), evaluating and standardising the best, potentially generalisable and cost-effective methodology for the GLIM assessment has, surprisingly, been largely neglected.

The overall aim of this project will be to standardise the methodology of nutrition assessment and, thus, increase the frequency of correct diagnosis of malnutrition.

The successful student(s) will be able to participate fully in all aspects of the study and will have an opportunity to learn much about clinical nutrition from the expert team at the University of Tartu and Tartu Ülikooli Kliinikum.

References
1.    Norman K, Pichard C, Lochs H, Pirlich M. Prognostic impact of disease-related malnutrition. Clin Nutr. 2008 Feb;27(1):5–15. 
2.    Tangvik RJ, Tell GS, Eisman JA, Guttormsen AB, Henriksen A, Nilsen RM, et al. The nutritional strategy: Four questions predict morbidity, mortality and health care costs. Clin Nutr. 2014 Aug;33(4):634–41. 
3.    Van Bokhorst-de Van Der Schueren MAE, Guaitoli PR, Jansma EP, De Vet HCW. Nutrition screening tools: Does one size fit all? A systematic review of screening tools for the hospital setting. Clin Nutr. 2014 Feb;33(1):39–58. 
4.    Cederholm T, Jensen GL, Correia MITD, Gonzalez MC, Fukushima R, Higashiguchi T, et al. GLIM criteria for the diagnosis of malnutrition – A consensus report from the global clinical nutrition community. Clin Nutr. 2019 Feb;38(1):1–9. 
5.    Barazzoni R, Jensen GL, Correia MITD, Gonzalez MC, Higashiguchi T, Shi HP, et al. Guidance for assessment of the muscle mass phenotypic criterion for the Global Leadership Initiative on Malnutrition (GLIM) diagnosis of malnutrition. Clin Nutr. 2022 Jun;41(6):1425–33. 
6.    Huo Z, Chong F, Yin L, Lu Z, Liu J, Xu H. Accuracy of the GLIM criteria for diagnosing malnutrition: A systematic review and meta-analysis. Clin Nutr. 2022 Jun;41(6):1208–17. 
7.    Cederholm T. 4 years of the GLIM criteria: Where are we? Results of the GLIM survey. 2023 Jan; Available from: https://www.espen.org/files/glim/GLIMNiceWM2023.pdf

Pakutavad ülesanded
The successful student will learn about medical ethics and how to obtain informed consent. There will then be opportunities for personal interaction with patients from a range of hospital disciplines and with a wide spread of different diagnoses. The student will be responsible for checking height and body weight, and to ensure that the patient completes a simple questionnaire correctly. He or she will be involved in carrying out muscle function and body composition assessment, including performing bioelectrical impedance analysis.
A student who is interested in statistics will then be able to participate in data analysis.  
There are sure to be national and international presentations, and at least one publication from the work. The student will be encouraged to play an active part in these activities, including authorship. There will be additional opportunities to participate in the University of Tartu clinical nutritional teaching programme for the student for whom this is appropriate.  
The time commitment can be determined with the successful student, but the investigators hope that the interested student would wish to spend several hours a week working with the team on the project.
 
Osalema oodatud
The project would suit an enthusiastic individual who plans a career in medicine or any of the life sciences. There will be direct engagement with human subjects, but coaching will be provided for the student who does not yet have this experience.
It will be essential for the student to be fluent in Estonian, and desirable that some Russian is spoken. Communication with the principal supervisor will be mainly in English.


Ühe geeni veast põhjustatud meeste ja naiste viljatuse molekulaardiagnostika ning selle kliiniline kasu

Struktuuriüksus
Meditsiinivaldkond, Bio- ja Siirdemeditsiini Instituut, inimese geneetika õppetool
Noortega tegelevad uurimisrühma liige
Maris Laan, inimese geneetika professor
maris.laan@ut.ee
 
Projekti teema lühikirjeldus

Projekt viiakse läbi Eesti Teadusagentuuri granti PRG1021 raames.

Viljatus puudutab ligi 10-15% paaridest ja rohkem kui pooltel juhtudel jäävad põhjused leidmata. Meie baas- ja siirdemeditsiinilise uurimistöö eesmärgiks on tuvastada seni teadmata pärilikke tegureid, mis mõjutavad meeste ja naiste võimalust lapsevanemaks saada. Teadustöö toimub koostöös Tartu Ülikooli Kliinikumi Meestekliiniku ja Naistekliinikuga ning Ida-Tallinna Keskhaigla Naistekliinikuga. Kõrgtasemel kliiniline ekspertiis koos tänapäeva geneetika, arvutiteaduse ja eksperimentaalse metoodilise pädevusega loob eelduse, et projekt annab olulist lisandväärtust meie teadmistele viljatuse geneetilistest põhjustest nii meestel kui naistel, ning reproduktiivorganite arengust ja funktsioonist. 
Projekti tähtsus Eestile on mitmetahuline – alates sadade patsientide geneetilisest analüüsist kuni potentsiaalini muuta kliinilist praktikat juurutades geneetika teadmised ja võimalused diagnostika, prognostika ja teaduspõhiste raviotsuste hüvanguks, s.h. üldtervise seisukohast. Viljatuse etioloogia parem mõistmine stimuleerib ka kliinilist uurimistööd leidmaks uusi mitte-invasiivseid molekulaarseid sihtmärke viljatushäirete raviks.

Projektist avalikkuses
https://novaator.err.ee/1609257591/maris-laan-genoomi-tervis-soltub-pal…
https://ojs.utlib.ee/index.php/EA/article/view/18762/13472
https://kuku.pleier.ee/podcast/kuue-samba-taga/135183
Osalema oodatud
Arstiteaduste õppekava 2-3 tudengit
Pakutavad ülesanded

Meditsiinigeneetiliste andmete analüüs; koostöös TÜK Meestekliiniku ja TÜK Naistekliinikuga andmete interpreteerimine kliinilises võtmes; eksperimentaalsed katsed uute geneetiliste leidude kinnitamiseks jne.

Ajakulu sõltub tudengi huvist, motivatsioonist, ja võimalustest.

 

Suurkiskjad ja inimene: Eesti inimeste suhtumine suurkiskjatesse muutuva ühiskonna taustal 

Struktuuriüksus:
Tartu Ülikooli Ökoloogia ja maateaduste instituut, terioloogia töörühm
Noortega tegelevad uurimisrühma liige:
Maris Hindrikson (maris.hindrikson@ut.ee)
Projekti teema lühikirjeldus:
2022-2023. aastal viidi läbi kõiki kolme Baltimaad hõlmav ühisuuring, et välja selgitada ühiskonna suhtumist suurkiskjatesse (hunt, karu ja ilves). Osaleva üliõpilase tööks oleks võrrelda Eesti tulemusi kahel uuringuperioodil: varasem uuring, mis tehti aastatel 2003-2006 ning käesolev uuring 2022-2023. Kahe uuringu vahelisel ajal on nii ühiskonnas, kui ka meie looduses toimunud palju muutusi, mis võivad mõjutada inimeste ja kiskjate suhteid (linnastumise suurenemine, kiskjate arvukuse muutused, intensiivne metsaraie, lambakasvatuse ja mesinduse populaarsuse kasv) ning ilmselt laiemalt ka ühiskonna suhtumist suurkiskjatesse. Ühisuuringu tulemused aitavad kaasa suurkiskjate teaduspõhisele majandamisele ning konfliktide vähendamisele suurkiskjate ja inimese vahel.
Pakutavad ülesanded
Ülesanded ja töökoormus vastavalt huvidele ja võimalustele. Projekt võimaldab väga paindlikku töögraafikut ja töömaht sõltub suures osas sellest kui süvitsi tudeng soovib antud temaatikaga tegeleda. Andmed on olemas, töö on peamiselt arvutipõhine, aga töörühmas võimalik lisaks ka välitöödel osaleda.
Osalema oodatud
Tudengid bioloogia ja elustiku kaitse, matemaatilise statistika ja sotsioloogia erialadelt.

 

Ajalooliste tekstide automaatse analüüsi võimalused Eesti 19. sajandi vallakohtuprotokollide näitel

Struktuuriüksus:
Ajaloo ja arheoloogia instituut, eesti ja üldkeeleteaduse instituut
Noortega tegelevad uurimisrühma liikmed:
Maarja-Liisa Pilvik (maarja-liisa.pilvik@ut.ee, keeleteadus) 
Aigi Rahi-Tamm (aigi.rahi-tamm@ut.ee, ajalugu, koostöös Rahvusarhiiviga)
Projekti teema lühikirjeldus:
Eesti 19. sajandi vallakohtuprotokollid on tänu oma temaatikale, iseloomule ja süstemaatilisusele üheks olulisemaks eesti keele ja kultuuri ajaloo uurimise objektiks, peegeldades ühtviisi nii tollase talurahva eluolu, majanduslikku seisundit, kõikvõimalikke üleastumisi ja elukorralduse häireid, üldist mentaliteeti ning samas ka eesti kirjakeele kujunemise protsessi. 2019. a kevadel Rahvusarhiivis käivitatud ühisloomeprojekt, mille käigus on juba praeguseks sisestatud kümneid tuhandeid protokolle, avas võimaluse selle rikkaliku allikmaterjali mitmekesisemaks uurimiseks. Käesolev projekt tegeleb sisestatud vallakohtuprotokollide kasutusvõimaluste olulise laiendamisega, töötades välja ajalooliste tekstide automaattöötluse metodoloogiat (tekstide normaliseerimine, morfoloogiline analüüs, automaatne nimetuvastus jm lahendused). Samuti katsetatakse projekti käigus materjali kasutusvõimalusi ajaloolistes ning lingvistilises uurimustes.
Projektist avalikkuses:
http://www.ra.ee/vallakohtud/
https://www.facebook.com/rahvusarhiiv/posts/2903213286404465
https://www.youtube.com/watch?v=jZPE5A314V0
https://blog.ra.ee/naitus/tode-ja-oigus-labi-aegade/
http://www.ra.ee/uurijale/uurijatund-tallinn/

 

Eesti keel ja kultuur digiajastul: Eesti rahva etniline ajalugu uute teadustulemuste valguses

Struktuuriüksus:
Ajaloo ja arheoloogia instituut
Noortega tegelev uurimisrühma liikmed:
Mari Tõrv (mari.torv@ut.ee
Silvia-Kristiin Kask (silvia-kristiin.kask@ut.ee)
Projekti teema lühikirjeldus:
Projekti eesmärgiks on koguda, mõtestada ja tutvustada laiemale avalikkusele Eesti rahva etnilise ajalooga seotud uusi teadustulemusi, tõlgendusi ja teooriaid. Projektis teevad koostööd arheoloogid, geneetikud ja keeleteadlased Tartu Ülikoolist, vähemal määral on kaasatud veel ajaloolased, etnoloogid, geograafid jt teaduste esindajad. Interdistsiplinaarses koostöös luuakse uus teadmine Eesti rahva etnilisest ajaloost ehk antakse vastus küsimusele, kes me oleme ja kust me tuleme.
Projekti raames luuakse veebileht, mis annab võimaluse saada populaarteaduslik ülevaade Eesti rahva etnilisest ajaloost, samuti on võimalik tutvuda selle aluseks olevate teaduslike käsitluste ja algandmetega. Loodav veebileht võimaldab anda parem ja kaasaegsema ülevaate eri rahvastest Eesti alal nii neile kes on lihtsalt ajaloohuvilised, kui üldhariduskoolide õpetajatele ja õpilastele, üliõpilastele aga ka teadlastele.
Projektil on kolm põhilist eesmärki: (1) koondada informatsioon andmebaasidest, avaldatud artiklitest ja arhiivist, (2) luua kasutajasõbralik veebileht ning (3) tutvustada Eesti etnilist ajalugu ja seda käsitlevat kodulehte avalikkusele. Sellest tulenevalt on ka projektida seotud ülesanded mitmekülgsed.

 

Eesti antiigitõlgete andmebaas

Struktuuriüksus:
Maailma keelte ja kultuuride kolledž (klassikalise filoloogia osakond)
Noortega tegelevad uurimisrühma liikmed:
Janika Päll (janika.pall@ut.ee)
Ivo Volt (ivo.volt@ut.ee)
Projekti teema lühikirjeldus:
Jätkatakse varasemaid projekte, mille eesmärgiks on võimalikult ulatusliku Eesti antiigitõlgete bibliograafia ning andmebaasi loomine. Selleks kaardistatakse kõik eraldi väljaannetena, aga ka muude väljaannete koosseisus, sh ajakirjanduses ilmunud tõlked antiikkirjandusest eesti keelde, aga ka käsikirjalised tõlked. Olemasolevaid andmeid täiendatakse, lisatakse märksõnu jm metaandmeid. Projekti käigus saab raamatukogu- ning arhiivitöö kogemuse (sh gooti (trüki)kirja lugemine) ja võimaluse tehtud töö baasil esitada ettekandeid rahvusvahelistel noorte antiigiteadlaste seminaridel. IT-huvilistel on võimalik on tegeleda tekstimärgendusega andmebaasi PhiloLogic tarvis.
Projektist avalikkuses: 
https://eab.ut.ee/
https://philologic.ut.ee/

 

Eesti kaasaegne kultuur ja nähtused

Struktuuriüksus:
Eesti Kirjandusmuuseum, folkloristika osakond
Noortega tegelevad uurimisrühma liikmed:
Mare Kõiva (mare.koiva@folklore.ee)
Katre Kikas (katre.kikas@folklore.ee)
Projekti teema lühikirjeldus:
Projekti teema lühikirjeldus: Projekti eesmärgiks on dokumenteerida Eesti kaasaegset noortekultuuri ning anda ajalooline taust ühele märgilisele sündmuste sarjale – a) volbripäev ja üliõpilaspäevad, mille põhjal on võimalik jälgida sündmuste dünaamikat ja rekonstrueerida seda läbi 20. sajandi. Üliõpilaspäevadel on eriline tähendus Eestis ja välismaal, kuid selle senised käsitlused vajavad täiendamist ja uuendamist.
b) Noorte- ja tänapäevase kultuuri alal otsime kaasamõtlejaid lisaks Tartu üliõpilaspäevade traditsioonide jäädvustamisele läbi ajaloo, sh slaavikeelse taustaga õpilaste ja noorte harrastuste, väärtushinnangute ja tavade analüüsimisel; c) maagia temaatikaga seotud teated jm sõda kujutavate kirjutiste ja meemide põhjal.
Projekti käigus saab üliõpilane iseseisva töö kogemuse intervjueerimisel, meedia- ja sotsiaalmeedia uuringute alal ning ühtlasi andmestiku statistilise töötlemise kogemuse. Ta osaleb oma tulemustega seminaridel ning Euroopa ja Põhja-Ameerika rituaali-uurijatele mõeldud konverentsidel, edaspidi on ta kaasautor vastavates teadusartiklites. Projekti käigus kogutud materjalid säilitatakse Eesti Kirjandusmuuseumi Folkloristika osakonna teadusarhiivis.
Projektist avalikkuses:
https://www.folklore.ee/Graffiti/
https://www.folklore.ee/Reebus/

 

Eetiliste otsustuste olemus ja eetika õpetamine

Struktuuriüksus
Tartu Ülikooli filosoofia osakond
Noortega tegelevad uurimisrühma liikmed:
Kadri Simm (kadri.simm@ut.ee)
Projekti teema lühikirjeldus
Uurimisrühmas on käimas mitmed eetiliste otsustuste tegemist uurivad projektid (n teaduseetika ja meditsiinieetika kontekstis), samuti eetikaõpetamise meetodeid uurivad projektid (kuidas tuleks eetikaõpetamist korraldada, milliseid meetodeid kasutada, et sellest ka „kasu oleks“ ja kuidas võiksime üldse mõista „kasu“, mida eetika õpetamine annab)? Üldiselt proovime nii teoreetiliselt kui empiiriliselt uurida, mis sorti otsused on eetilised otsused ja kuidas saab neid nii eetika õpetamise, organisatsioonikultuuri, nügimise kui muude vahenditega toetada.
Projektist avalikkuses
Käimas on paar europrojekti ning ka Eesti-sisesed uuringuid, mis kõik mahuvad laias laastus ülaltoodud teema alla.
Pakutavad ülesanded
Tudengid saavad kaasa rääkida täpsemate uurimisküsimuste väljatöötamisel, kirjanduse kaardistamisel, ehk ka eksperimentaalsete katsete ettevalmistamisel ja läbiviimisel
Osalema oodatud
1-3 humanitaar ja kunstide valdkonna tudengit

Kaasaegne paganlus, rahvusnarratiivid ja kaasaegne Eesti kultuurilugu

Struktuuriüksus:
Eesti Kirjandusmuuseum, folkloristika osakond
Noortega tegelevad uurimisrühma liikmed:
Tõnno Jonuks (tonno.jonuks@folklore.ee)
Anastasiya Fiadotova (anastasiya.fiadotova@folklore.ee)
Projekti teema lühikirjeldus:
Projekti eesmärgiks on dokumenteerida Eesti looduslikesse pühapaikadesse jäetud ande ning koostada aeg-rida, mille põhjal on võimalik jälgida külastajate tegevusi ja käitumisi dünaamiliselt. Selleks jätkatakse projekti juhi poolt juba alustatud pühapaikadesse jäetud andide kaardistamisega. Paralleelselt esemete dokumenteerimisega jälgitakse pühapaikadega seonduvaid (sotsiaal)meedia teateid, et uurida kuidas suhtumist pühapaikadesse kujundatakse. (Üli)õpilasega koos dokumenteerime mõningaid pühapaiku Tartu linnas ja ümbruses ning seejärel on õpilasel endal võimalik läbi viia iseseisev uurimistöö kas mõnes looduslikus või linnalises kontekstis oleval pühapaigal. Kuna linnaliste pühapaikade annid on täiesti dokumenteerimata ja uurimata teema Eestis, oleks see isegi kõige eelistatum allikavalik.
Projekti käigus saab (üli)õpilane iseseisva töö kogemuse nii maastiku-uuringutes, arhiivitöös kui sotsiaalmeedia uuringutes ning uurimistöö tulemusi on võimalik esitada nii seminaridel kui noorteadlastele mõeldud konverentsidel kui edaspidi olla kaasautor ka vastavates teadusartiklites. Projekti käigus kogutud materjalid säilitatakse Eesti Kirjandusmuuseumi Folkloristika osakonna arhiivis.
Projektist avalikkuses:
https://www.folklore.ee/folklore/vol75/jonuks_aikas.pdf

 

Kriisi tavalisuse kujutamine: diskursus, kirjandus ja pilt

Finantseerija:
Eesti Teadusagentuur (PRG934)
Struktuuriüksus:
Maailma keelte ja kultuuride kolledž
Noortega tegelev uurimisrühma liige:
Raili Marling (raili.marling@ut.ee)
Projekti teema lühikirjeldus:
Projekt tõukub pingest tänase ebakindla ühiskonna ja selles levinud optimistlike narratiivide vahel. See pinge tekitab vastakaid ja halvasti mõistetud afekte. Afektide ja nende ühiskondlike mõjurite mõistmiseks uurime kolme omavahel põimunud korpust: meediadiskursust, kaasaegset kirjandust ning esteetilisi ja sotsiaalseid pilte kolmes kultuurikontekstis. Neoliberalismi omaks võtnud Eestit võrreldakse USA, neoliberalistlike väärtuste päritoluriigi, ja nende suhtes skeptilise Prantsusmaa kogemusega. Neoliberalismi ja afekti koosmõju pole senini Eestis uuritud. Eesti asetamine rahvusvahelisse konteksti aitab arendada süsteemset arusaama kohalikest ja globaalsetest praktikatest.

 

Teismeliste keel Eestis (TeKE)

Struktuuriüksus:
Eesti ja üldkeeleteaduse instituut
Noortega tegelevad uurimisrühma liikmed:
Aive Mandel (aive.mandel@ut.ee)
Kristiina Praakli (kristiina.praakli@ut.ee)
Virve Vihman (virve.vihman@ut.ee)
Projekti teema lühikirjeldus:

Teismelised kasutavad keelt leidlikult ja loominguliselt ning uurimused näitavad, et neil on roll ka laiemates keelemuutustes. Seni on aga Eestis teismeliste keelekasutust teaduslikult vähe uuritud ning selleks on nappinud ka sobivaid keeleandmeid.

Aastail 2020–2021 koguti TeKE projektis noorte endi abiga nende omavaheliste vestluste salvestusi ning kiirsuhtlusäppide sõnumivahetusi. Umbes 50 keelesaadikut Eesti eri paigust aitasid kokku koguda ligi sada tundi suulist keelekasutust ning 200 000 sõna Messengeri jm rakenduste vestlusi, mille koondame projekti käigus teaduslikku uurimistööd võimaldavaks suulise ja kirjaliku keele korpuseks. Praeguseks on projekt jõudnud andmete töötlemise ja analüüsi faasi ning valmivad ka esimesed uurimused noorte keelekasutusest.

Keelekorpuse põhjal otsime projekti uurimisfaasis vastust küsimustele, mis täpselt iseloomustab praeguste teismeliste keelt ja kuidas see varieerub ealiselt, sooliselt ja piirkondlikult, milline on tänaste teismeliste keeles inglise keele mõju ja mille poolest erinevad suulise vestluse ja sõnumivahetuse keel. Laiemas plaanis aga – kuidas eesti keel muutub ja milline mõju on sellele teismelistel.

Projektist avalikkuses:
https://sisu.ut.ee/teke/avaleht

 

Transmeedialisuse kultuuriväärtus ja digitaalsete hariduslike platvormide arendamine

Struktuuriüksus:
Filosoofia ja semiootika instituut
Noortega tegelev uurimisrühma liige:
Maarja Ojamaa (maarja.ojamaa@ut.ee)
Projekti teema lühikirjeldus:
Projekti lähtekohaks on lõhe kaasaegse veebikeskkonna ning meie kultuuri- ja iseäranis kirjanduspärandi vahel. Kui eestlaste rahvuslikku identiteeti on sageli peetud kirjandusklassikale tuginevaks, siis tänaste noorte kultuuri kogemise ja suhtlemise digitaalset keskkonda iseloomustavad pigem multi- ja transmeedialisus. Projekti eesmärgiks on uurida, millised osad kirjandusest ja kirjanduskultuurist on vahendatavad mittesõnaliste kanalite kaudu. Uurimistulemuste põhjal töötame välja uuenduslikud veebiplatvormid, mis toetavad kaasaegse digitaalse keskkonna lõimimist kirjandus- ja teistesse humanitaarainete tundidesse.
Projektist avalikkuses:
Artikkel platvormist “Ajalugu ekraanil”: https://novaator.err.ee/834032/seltsimees-laps-hakkab-sugisest-kooliopilastele-ajalugu-opetama;
Platvorm ise on vaba juurdepääsuga aadressil https://ajalugu.haridusekraanil.ee. Teised Transmeedia uurisimisrühma poolt loodud platvormid on leitavad aadressidel: https://kinoklassika.haridusekraanil.ee, https://loodus.haridusekraanil.ee, https://identiteet.haridusekraanil.ee ja http://kirjandusekraanil.ee

 

Bakterite antimikroobse resistentsuse ja virulentsuse ennustamine DNA abil

Struktuuriüksus:
Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut, bioinformaatika õppetool
Noortega tegelevad uurimisrühma liikmed:
Erki Aun
Dr. Age Brauer (age.brauer@ut.ee)
Projekti teema lühikirjeldus:
Patogeensete bakterite DNA järjestuse määramine on suhteliselt odav ja laialt levinud tehnoloogia. Bakterite genoomi järjestuse alusel on teoreetiliselt võimalik ennustada kõiki selle bakteri omadusi. Meid huvitab antimikroobse resistentsuse (millise ravimiga saab patsienti ravida) ja virulentsuse (kui tõsiseid haigusnähte antud tüvi võib tekitada) ennustamine genoomse DNA järjestuse abil. Oleme koostanud tarkvara PhenotypeSeeker, mis suudab ennustada bakterite omadusi ja testinud seda kahte tüüpi antimikroobse resistentsuse määramisel. Meetodit oleks vaja edasi arendada rohkemate antibiootikumide resistentsuse ennustamiseks ning samuti keerukamate koosluste uurimiseks (näiteks inimese mikrobioom).
Projektist avalikkuses:
https://novaator.err.ee/876348/tartu-teadlaste-uudne-arvutusmeetod-tuvastab-superbakterite-pahad-geenid
https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1006434

 

Bakterite ja viiruste DNA tuvastamine vereproovist

Struktuuriüksus:
Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut, bioinformaatika õppetool
Noortega tegelevad uurimisrühma liikmed:
Dr. Lauris Kaplinski
Prof. Maido Remm (maido.remm@ut.ee)
Projekti teema lühikirjeldus:
Vereproovist eraldatud rakuvaba DNA kasutatakse Eestis rutiinselt riskirühma rasedatel kromosomaalsete aneuploidiate ennustamiseks.
Nüüd oleks vaja praktikasse juurutada ka rakuvabast DNAst patogeenide (bakterite ja viiruste) määramine. See aitaks tuvastada krooniliste infektsioonide põhjusi (kõikidel inimestel, mitte ainult rasedatel). Selleks vaja luua tarkvara, mis a) tuvastab potentsiaalsed haigustekitajad; b) määrab nende koguse; c) hindab leiu meditsiinilist olulisust ning d) annab arstile lihtsas vormis tagasisidet leidude kohta. Projekti viiakse läbi koostöös Tervisetehnoloogiate Arenduskeskusega.
Projektist avalikkuses:
http://niptify.ccht.ee/kuidas-tootab/
https://www.nature.com/articles/s41564-019-0424-7
https://www.nature.com/articles/s41564-018-0349-6

 

Bakterite magneesiumi homöostaasi seos valgusünteesiga

Struktuuriüksus:
Tartu Ülikooli tehnoloogiainstituut
Noortega tegelevad uurimisrühma liikmed:
Ülo Maiväli (ulo.maivali@ut.ee)
İsmail Sarıgül
Projekti teema lühikirjeldus:

Meie uurimisprojekti eesmärk on uurida magneesiumi voogu bakteriaalse ribosoomi sünteesi & lagunemise osas ning valgu nimega YbeX võimalikku osalemist selles protsessis. Ribosoomid on valgusünteesi eest vastutavad rakulised komponendid ning nende assambleerimine on väga keeruline protsess, mis hõlmab paljusid faktoreid. Magneesiumioonid mängivad olulist rolli ribosoomi struktuuri stabiliseerimisel ning magneesiumi kontsentratsiooni kõikumised võivad mõjutada kõige energiamahukamat rakulist protsessi - ribosoomi sünteesi. Meie hiljutised leiud (vt lisatud linki) omistavad YbeX-valgule rolli ribosoomi ainevahetuses, kuigi selle täpne funktsioon ja toimemehhanism pole hästi teada.

Nende küsimuste lahendamiseks kasutame geneetilisi, biokeemilisi ja biofüüsikalisi lähenemisviise. Kõigepealt uurime muudetud magneesiumi kontsentratsioonide mõju bakterirakkudes ribosoomi sünteesile, kasutades tehnikaid nagu sahharoosi gradiendis tsentrifuugimine ja massispektromeetria. Seejärel uurime YbeX-i potentsiaalset osalemist rakuliste nukleotiide metabolismis, kasutades selleks geneetilisi ja biokeemilisiv meetodeid, nagu molekulaarne klooneerimine ja HPLC.

Usume, et saadav teadmine aitab valgustada magneesiumi voogu ja ribosoomi ainevahetuse keerulist seost ning paremini mõista YbeX-i rolli selles protsessis.

Projektist avalikkuses
https://doi.org/10.1101/2023.03.20.533420 
Pakutavad ülesanded
Me sulandame oma tudengid sujuvalt laboris tehtavasse teadusesse. Seega saavad neist kiiresti suhteliselt iseseisvad noored teadlased, kellel on võimu ja voli ka oma tööd planeerida. Tudengil on võimalik planeerida ja läbi viia (koos juhendajaga, muidugi) üsna palju erinevaid katseid. Me ootame oma tudengitelt eeskätt huvi teaduse vastu, sest see, mida nad laboris teevad on teadus, pigem kui õppetöö. See tähendab, et meie tudengid teevad rohkem, õpivad rohkem ja saavutavad suurema iseseisvuse, kui on vajalik bakalaureusekraadi omandamiseks. Ja sellel pingutusel on mõtet siis, kui inimest huvitab teadus. Oma aega saab tudeng ise planeerida, meie omalt poolt suudame tagada juhendamise ka nädalavahetustel. Tudengil on võimalik elada, töötada ja võita sõpru heas rahvusvahelises seltskonnas (töö käib suuresti inglise keeles) ja osaleda iganädalastes laboriseminarides. Me oleme osa suuremast prof Tanel Tensoni poolt juhitavast üksusest, mis tegeleb bakterite füsioloogiaga ning eriti kõige sellega, mis seondub bakterite antibiootikumiresistentsuse ja patogeneesiga, kaasa arvatud hiires ja inimeses. Seega, kuigi antud projekt on baasteaduslik, luusib laboris ja selle ümbruses piisavalt rakendusteadlasi, et anda üliõpilasele juba õrnas eas tasakaalustatud maailmapilt, mille toel ta saab elus langetada enda jaoks parimaid valikuid. Meil on olemas ka oskused kaasaegse bioloogilise andmeanalüüsi vallas R-s ja Pythonis, mida jagame hea meelega.
Osalema oodatud
1-2 tudengit bioloogia, geenitehnoloogia, keemia või füüsika õppekavadelt

 

Diagnostilise testi loomine listeeriabakteri tüvede määramiseks

Struktuuriüksus:
Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut, bioinformaatika õppetool
Noortega tegelevad uurimisrühma liikmed:
Reidar Andreson
Maido Remm (maido.remm@ut.ee)
Projekti teema lühikirjeldus:
Listeeriabakter Listeria monocytogenes on kuumtöötlemata toidus leiduv bakter, mis on võimeline kasvama ka külmkapi temperatuuril. Seetõttu võib ta halbade asjaolude kokkulangemisel põhjustada osadel inimestel listerioosi. On esinenud ka surmajuhtumeid. Viimasel ajal on probleeme olnud just tehase-sisese bakteri levikuga, mida põhjustab mõni kindel Listeria tüvi. Selliste saastumiste vältimiseks ja tehaseruumide kiireks puhastamiseks oleks vaja luua kiire diagnostiline test, mis suudab listeriabakteri DNA tuvastada tüve täpsusega. Projekti raames on võimalik teha arvutitööd bakterigenoomidega Linux keskkonnas ja/või PCR teste laboris.
Projektist avalikkuses:
https://www.err.ee/983963/pealtnagija-kahelt-surnud-eestlaselt-on-leitud-m-v-wooli-kalatehasest-parit-listeeriabakter
https://www.err.ee/992089/m-v-wool-peatab-tehase-steriliseerimiseks-kaheks-paevaks-tootmise
https://epl.delfi.ee/artikkel/88200773/mvwool-ootab-paasteplaani-vta-lt-kuid-amet-nouandeid-ei-jaga

 

 Euroopa Lõuna-observatooriumi (ESO) vaatlusprogrammi 4MOST (4-metre Multi-Object Spectroscopic Telescope) vaatlusstrateegia optimeerimine

Struktuuriüksus:
Tartu observatoorium
Noortega tegelevad uurimisrühma liikmed:
Elmo Tempel (elmo.tempel@ut.ee)
Projekti teema lühikirjeldus:
4MOST on Euroopa Lõuna-observatooriumi järgmise põlvkonna vaatlusprogramm, mis algab 2024 aastal. Viie-aastase vaatlusprogrammi jooksul vaadeldakse umbkaudu 50 miljonit objekti (tähed, kvasarid, galaktikad, supernoovad, gravitatsiooni läätsed, muutlikud objektid) taevas. Vaatlusprogrammi edukaks läbiviimiseks on vaja optimaalset vaatlusstrateegiat. Tartu observatooriumi töörühm on oluliselt panustanud 4MOST vaatlusstrateegia koostamisse ning järgneva aasta peamine eesmärk on lõplik vaatlusstrateegia optimeerimine. Projektis osaleval noorel on võimalik sellesse protsessi panustada ning 4MOST Facility Simulator abiga katsetada erinevaid vaatlusstrateegiaid ning leida kitsaskohti, millele tuleks vaatlusstrateegia koostamisel tähelepanu pöörata.
Projektist avalikkuses
https://www.4most.eu/cms/home/
Pakutavad ülesanded
Projekti elluviimine toimub Tartu observatooriumi 4MOST töörühmas ning üliõpilaselt eeldatakse valmisolekut meeskonnatööks. Üliõpilasele tuleb kasuks ka mõningane programmeerimiskogemus või valmisolek selle omandamiseks. Ajakulu ja töökoormus on kokkuleppeline ning sõltub eelkõige tudengi enda aktiivsusest ja huvist antud teema vastu.
Osalema oodatud
1 tudeng füüsika erialalt.

 

Fractal organization of chromatin in the nucleus of a biological cell

Struktuuriüksus:
Science and technology
Noortega tegelevad uurimisrühma liikmed:
Jörg Pieper (pieper@ut.ee)
Maksym Golub
Projekti teema lühikirjeldus:

Biological objects often have a fractal structure, which ensures their vital physiological functions. The most obvious implementation of this principle is a tree. It grows such that at each next level of branching, the sum of the squares of the radii of the branches is equal to the square of the radius of the branch from which the branching occurred. A recursive property describing the growth of a tree had already been noticed by Leonardo Da Vinci. 

A deeper understanding requires the construction of an adequate structural and dynamical model of a living fractal with a hierarchical structure and the physical interpretation of its parameters. In particular, such studies can help to resolve the question of how a meter-long DNA strand is packed into a micron core, and how the structure of this package provides rapid unpacking of specific sites for transcription or replication. Such studies may also provide criteria to diagnose, for example, healthy and cancerous cells in medical health care. 

It is planned to use a combination of complementary scattering techniques to investigate the structure and the dynamics of DNA in the cell nucleus experimentally. Based on the data, theoretical models of fractal organization have to be developed by structural and dynamical computer simulations.

Pakutavad ülesanded

what you expect out of the student and expected time/work commitment 

  • literature review and presentation 
  • data analysis with computational models 
  • optional: participation in an experiment in a research facility in the UK
Osalema oodatud

2 students with interest in simulations 

Subjects: physics, mathematics, biology (with interest in physics)

 

Füüsikateadlikud masinõppe meetodid

Struktuuriüksus
Tartu Ülikooli füüsika instituut, sensortehnoloogiate labor
Noortega tegelevad uurimisrühma liikmed:
Taavi Repän (taavi.repan@ut.ee)
Projekti teema lühikirjeldus
Tehisnärvivõrke kasutatakse palju, seda ka füüsikas, kus rakendusi on mitmeid, üheks näiteks paljude seast võib tuua nn arvutusmahukate simulatsioonide asendamise tehisnärvivõrkudega (fast surrogate solvers), ehk siis kasutatakse treenitud närvivõrku, mis annab küll kõigest ligikaudse vastuse, aga seda palju kiiremini. Eeldusel, et vastus on piisavalt täpne on siiski vaja ka, et treeningandmete loomiseks ning tehisnärvivõrkude treenimiseks kuluv ressurss ei oleks ebamõistlikult suur. Vastasel korral oleks kokkuvõttes efektiivsem kasutada klassikalisi simulatsioone. Siin kerkibki küsimus, et kuidas närvivõrkudele “anda kaasa” füüsikateadmisi, selleks, et saavutada sama arvutustäpsus vähemate treeningandmetega/arvutusressursiga. Selleks on erinevaid lähenemisi, kuidas seda üritada. Selle projekti eesmärgiks ongi nende lähenemiste uurimine ja arendamine.
Pakutavad ülesanded
programmeerimisoskus võiks juba olemas olla, ajakulu kohta ei oska kommenteerida, sõltub üliõpilase enda soovidest, ranget ajakava ei ole
Osalema oodatud
2 füüsika-, keemia ja materjaliteaduse õppekava tudengit

 

Inimtegevuse kliimamõju tugevuse täpsustamine

Struktuuriüksus:
Tartu Ülikooli füüsika instituut
Noortega tegelevad uurimisrühma liikmed:
Velle Toll (velle.toll@ut.eehttps://sisu.ut.ee/velle-toll/)
Projekti teema lühikirjeldus:

 

Oleme avastanud täiesti uue füüsikalise mehhanismi, kuidas inimtegevus lisaks kasvuhooneefektile Maa kliimat soojendab (Joonis 1). Projektis uurid vaatluslikke tõendeid, kuidas inimtekkelised õhusaaste osakesed põhjustavad pilvepiiskade jäätumist ja lumesadu. Jäätumine vähendab omakorda pilvede hulka ja soojendab seeläbi Maa kliimat. Andmeallikaks on satelliitkaugseire andmed ja  analüüsiks kasutad python keskkonda Tartu Ülikooli teadusarvutuskeskuse superarvutil.

Töö aitab paremini mõista seni suuresti mõistatuslikuks jäänud inimtekkelise kliimamõju komponenti: õhusaaste osakeste kliimamõju (Toll jt 2019, Nature https://doi.org/10.1038/s41586-019-1423-9). Töö laiem eesmärk on täpsustada inimtegevuse kliimamõju tugevust, et oleks võimalik koostada senisest usaldusväärsemaid tuleviku kliima prognoose.

 

Image
Inimtegevuse kliimamõju projekt
Projektist avalikkuses

 

https://phys.org/news/2019-08-pollution-wont-global-spike.html https://novaator.err.ee/965947/ohusaastatuse-vahendamine-ei-hoogusta-globaalset-soojenemist

https://novaator.err.ee/1608354707/inimtekkeline-saaste-vahendas-uleilmset-temperatuuritousu-pool-kraadi

Pakutavad ülesanded
Tööks kasutad kaasaegset satelliitandmeid koondavat NASA worldview veebirakendust ja interaktiivset jupyterlab andmeanalüüsi keskkonda. Töökoormus on paindlik vastavalt üliõpilase võimalustele. Projekt on mõeldud kuni kolmele tudengile.
Osalema oodatud
Ootame loodus- ja täppisteaduste üliõpilasi (nt füüsika, keemia ja materjalidteaduse, geoloogia ja keskkonnatehnoloogia, informaatika või geograafia erialalt), kel on huvi kliimauuringute vastu.

 

Molecular level scattering study of adaptation mechanisms to climate change

Struktuuriüksus:
Science and technology
Noortega tegelevad uurimisrühma liikmed:

 

Jörg Pieper (pieper@ut.ee

Nicholas Croy

Projekti teema lühikirjeldus:

 

 

In the recent years, effects of climate change including drought and high-light conditions have become more abundant. Therefore, an adaptation to these changing environmental conditions will become unavoidable for a sustainable development of agriculture in the future. One promising strategy is to study native adaptation mechanisms in photosynthesis to battle environmental stress. In this regard, two promising bioprotectants are trehalose and glycerol, which act as stabilizer and plasticizer, respectively, for the photoactive proteins responsible for photosynthesis in plants.  

Trehalose is a specific sugar found in organisms able to survive extreme external stresses, such as high or very low temperatures or periods of complete drought. Most importantly, trehalose was shown to preserve the function of native photosynthetic proteins upon dehydration. Glycerol is a highly hydrophilic compound that is able to attract water, thus, leading to an increase of the protein surface hydration. This plasticizing effect ensures the functionally important protein flexibility and prevents harmful aggregation or misfolding of proteins. However, the molecular mechanisms of the protective roles of trehalose and glycerol are still debated and often poorly understood. We are mainly using scattering methods are well-suited for direct nanoscale investigations of protein structure and mobility under nearly native conditions as well as to study their interactions with bioprotectants.  

The scattering experiments have to be complemented by spectroscopic lab experiments to investigate the protein function at different trehalose or glycerol contents. These lab experiments are well suited for interested students, because they can be easily planned and repeated.

Pakutavad ülesanded

 

what you expect out of the student and expected time/work commitment 

  • literature review and presentation 
  • spectroscopic lab experiments on photosynthetic proteins
  • data analysis with computational models
Osalema oodatud

 

2 students with interest in experiments 

Subjects: physics, mathematics, biology (with interest in physics)

 

Tudengiprojekt SemuBot - Eesti esimene humanoidrobot

Struktuuriüksus:
Tartu Ülikooli tehnoloogiainstituut
Noortega tegelevad uurimisrühma liikmed:
Karl Kruusamäe (karl.kruusamae@ut.ee)
Projekti teema lühikirjeldus:
SemuBot on tudengiprojekt, mille eesmärgiks on inimkaasleja roboti arendamine. Kogu projekt viiakse ellu üliõpilaste poolt, et siduda koolitarkus elukogemusega. Kaasame erinevate valdkondade tudengid, keda juhendavad projekti vältel maailmatasemel valdkondlikud spetsialistid. Ühises koostöös valmib Eesti esimene humanoid robot, mis liigub ja suudab end väljendada muuhulgas ka eesti keeles. SemuBot projektiga anname võimaluse ühendada loengutes saadud teoreetilised teadmised praktikas, olla osa vägevast tiimist ning teha koostööd maailmatasemel mentoritega. Lisaks saavad kõik tudengid endale reaalse vastutuse ja võimaluse realiseerida enda ambitsioonid. Koos õpime meeskonnatööd ning arendame end
Projektist avalikkuses
Youtube: https://www.youtube.com/watch?v=ChJylfA9KF0 
Instagram: https://www.instagram.com/semubot_mtu/ 
Facebook: https://www.facebook.com/semubotmtu/ 
Pakutavad ülesanded
Me ehitame inimsuhtleja robotit. Meie projekti keskmes on erinevate valdkondade sidumine ning seetõttu saab iga liituja palju uusi huvitavaid kogemusi. Praegu otsime enda meeskonda disainist, turundusest ja kommunikatsioonist ning inseneeriast huvitatuid noori. Tule ja vali endale sobiv ja sa saad võimaluse ka teistel teemadel soovi korral kaasa rääkida või liikuda erinevate ülesannete vahel.
Osalema oodatud

Projekti on oodatud kõik õpilased sõltumata valdkonnast. Ootame tiimiga liituma noori, kes soovivad oma ülikooliaega maksimaalselt ära kasutada ning saada väärtuslikke kogemusi! Samuti ootame projektis osalejatelt julget pealehakkamist ja aktiivsust. Eeldame õpihimu olemasolu, sest vajalikke oskuseid aitavad omandada oma ala parimad juhendajad. Alguses on eeldatav ajakulu mõned tunnid nädalas, mis sõltub tiimist, kuhu kuulud ja endale võetud vastutusalast. Õppekava ei ole piirav ning kõik huvilised on oodatud!

Oma tiimi otsime:

  • Tehnikainimesi:
    • Insenerid - elektroonikud, mehaanikud, 3D printimise huvilised, modelleerijad.
    • Tarkvara arendajaid.
  • Disainereid - nunnu roboti disainimine, robot-inimese liidese arendajaid.
  • Keele ja kultuuri huvilisi, semiootikuid.
  • Kommunikatsiooni- ja turundusinimesi.

 

 

Uued tulevikukliima projektsioonid Eestile

Struktuuriüksus
Tartu Ülikooli füüsika instituut, atmosfääri- ja kliimateaduste keskus
Noortega tegelevad uurimisrühma liikmed:
Piia Post (piia.post@ut.ee, meteoroloogia ja klimatoloogia kaasprofessor)
Projekti teema lühikirjeldus
Maailmamere tõus, globaalse temperatuuri kasv, äärmuslike ilmaolude sagenemine, need on muutused kliimas, mis on kohal juba praegu. Kuidas aga globaalsed muutused mõjutavad Eesti tulevikukliimat, mis on kliimaga seotud tulevikuriskid Eestis? Selleks, et neile küsimustele vastata tuleb globaalsed muutused tõlkida kohalikeks muutusteks ning need omakorda mõjudeks loodusele ning ühiskonnale. Globaalsed kliimamuutused ning nende võimalikud mõjud ning tagajärjed on kirjeldatud IPCC (valitsustevahelise kliimamuutuse paneeli) aruannetes. Kohaliku kliima muutused tulevikus saab leida globaalseid mudelprognoose Eesti ala jaoks täpsemalt analüüsides. See tähendab konkreetsete indeksite nagu näiteks kuuma- või külmapäevade arv või sademete äärmusväärtuste arvude arvutamine selle sajandi lõpus. Seda liiki indeksite kaudu on võimalik hinnata nende muutuste mõju inimeste ja looduse, aga ka taristu tervisele. Oluline on sel puhul hinnata, et kuidas me tulevikus globaalsetest muutustest mõjutatud saame ning kuidas peaks riske vähendama.
Projektist avalikkuses

https://www.youtube.com/watch?v=txUq4PLbz8c

https://novaator.err.ee/1608775207/tu-atmosfaarifuusik-eestis-puudub-kliimaga-kohanemise-plaan

Pakutavad ülesanded
Konkreetne töö sõltub üliõpilase huvidest, teadmistest ja oskustest. See võib olla nii Eesti kliimaraporti koostamisele kaasaaitamine, kas loodusteaduslikust või ka sotsiaalteaduslikust vaatevinklist, aga ka arvutuste tegemine Eestis toimunud kliimamuutuse osas või globaalsetest kliimamudelitest piirkondliku kliima tulevikuprojektsioonide arvutamine. Sotsiaalteaduste üliõpilaste puhul kaasatakse kaasjuhendajaid sotsiaalteaduste valdkonnast. Töökoormus on paindlik vastavalt üliõpilase võimalustele, tegemist on nii arvuti- kui ka mõttetööga.
Osalema oodatud
Oodatud on nii loodus- ja täppisteaduste üliõpilased (nt füüsika, keemia ja materjaliteaduse, geoloogia ja keskkonnatehnoloogia, matemaatika ja statistika, informaatika või geograafia erialalt), aga ka sotsiaalteaduse üliõpilased, kel on huvi kliimamuutuste ja kliimauuringute vastu. Rühma võetakse kuni kolm üliõpilast.

 

Uute keskkonnasõbralike materjalide arendamine

Struktuuriüksus
Tartu Ülikooli tehnoloogiainstituut
Noortega tegelevad uurimisrühma liikmed
Livia Matt
Rauno Sedrik
Lauri Vares (lauri.vares@ut.ee)
Projekti teema lühikirjeldus

Kliima- ja keskkonnakriisi lahendamiseks on kiiresti vaja asendada fossiilsel toormel baseeruv tööstus kestliku, taastuval toormel baseeruva tööstusega. Sealhulgas on vaja leida asendus fossiilsest toormest toodetavatele materjalidele ja plastidele ning oluliselt hõlbustada nende taaskasutust ja ümbertöötlemist.

Selles töös sünteesitakse ja uuritakse uusi biotoormest saadavaid materjale, mis sobiksid asendama praegu kasutuses olevaid fossiilsest päritolu materjale paljudes rakendustes (nt. tehnoloogiasektor, värvid jm pinnakatted, ehitusektor, pakendid). Paraku ei saa pimesi eeldada, et kõik biomassist toodetud plastid on keskkonnale vähem koormavad ja ei tekita looduses kahjulikke laguprodukte. Seetõttu pööratakse erilist tähelepanu materjalide võimalikult väikesele jalajäljele ning efektiivsele ümbertöötlemisele.

Projektist avalikkuses

https://arhiiv.err.ee/vaata/ringvaade-1741-271878   (alates 19:57)

https://arhiiv.err.ee/video/vaata/uudishimu-tippkeskus-kas-me-oskame-metsa-taga-puid-naha

https://www.youtube.com/watch?v=BtE2YUt8B_w

Pakutavad ülesanded

Tegemist on peamiselt materjaliteaduse ning keemia valdkonna eksperimentaalse tööga. Tööd on võimalik laiendada ka materjalide keskkonnamõju ja toksikoloogia hindamisele.

Õpilased saavad võimaluse osaleda teadustöös ning laboris sünteesida uusi bio-plaste ja mõõta nende omadusi. Tööd saab organiseerida mitut moodi, kas rohkem periooditi (nt koolivaheaegadel) ja/või paaris korral nädalas vastavalt võimalustele. Võimalik on väike tasu.

Osalema oodatud
2-3 tudengit, kellel on huvi loodusteaduste ja maailma parandamise vastu

 

FunAqua Student

Struktuuriüksus:
Tehnoloogiainstituut
Noortega tegelevad uurimisrühma liikmed:
Victoria Prins
Kristel Panksep
Leho Tedersoo (leho.tedersoo@ut.ee)
Projekti teema lühikirjeldus:
FunAqua projekt uurib vee- ja setteproovidest seente, bakterite ja protistide elurikkust üle maailma. Molekulaarsete määramismeetodite abil tuvastatakse, kuivõrd mõjutab veekogu tüüp, seal olevate toitainete kogused ja kliima eri mikroorganismide suhtelist osakaalu, kooslusi ja toksiliste organismide arvukust.

 

Inimtegevuse tagajärjel toimuvad evolutsioonilised muutused taimede ja mullaorganismide vahelistes suhetes

Struktuuriüksus:
Ökoloogia ja Maateaduste Instituut
Noortega tegelevad uurimisrühma liikmed:
Marina Semtšenko (marina.semchenko@ut.ee)
Projekti teema lühikirjeldus:
Euroopa rohumaid on kujundanud aastatuhandeid kestnud madala intensiivsusega majandamine, kujundades neist ainulaadse kultuurilise ja bioloogilise mitmekesisusega alad, mis pakuvad olulisi ökosüsteemi teenuseid nagu süsiniku talletamine mulda, puhas vesi ja tõhus toitaineteringlus. Traditsiooniliselt majandatud rohumaade pindala on aga viimase sajandi jooksul dramaatiliselt vähenenud kuna maakasutus on viljakal pinnasel intensiivistunud ja vähem viljakal pinnasel lakanud. Need muutused omakorda on põhjustanud liikide kadu ja ökosüsteemi teenuste halvenemist. Hiljutised uuringud näitavad, et maakasutuse muutus viib evolutsiooniliste muutusteni taimepopulatsioonides. Seni on aga teadmata, kas ja kuidas mõjutavad muutused taimepopulatsioonide geneetilises struktuuris ja mitmekesisuses ökosüsteemi funktsioone ja taimekoosluste kohanemisvõimet tulevaste häiringute suhtes. See teadmine on aga kliimamuutuste valguses väga oluline, et ennustada näiteks suurenenud põudade sagenemise mõju rohumaade toimimisele. Maakasutuse intensiivistumine või lakkamine võib kaasa tuua evolutsioonilisi nihkeid taimede kasvustrateegias, viies strateegia ressursside säästmiselt kiire ressursside hankimise ja madala stressitaluvuse suunas. Maakasutuse muutuste tagajärjel võivad katkeda ka mutualistlikud suhted taimede ja mullamikroobide vahel, mille tagajärjel võivad kannatada saada muldade pakutavad olulised ökosüsteemiteenused ja nende vastupidavus põua suhtes. Selgitamaks välja taimede ja mullaorganismide vaheliste interaktsioonide dünaamikat maakasutuse muutudes kasutame laboratoorseid katseid. Lisaks viime läbi katseid  taimekoosluse tasandil, et paljastada kohanemise tagajärjed mullaprotsesside toimimisele ja põuakindlusele. Oma uurimisaladena kasutame maailma kõige kauem kestnud väetamiskatset ja rohumaade võrgustikke kolmes Euroopa piirkonnas, mis esindavad erinevaid rohumaade majandamisrežiime. Projekt muudab meie arusaama evolutsiooniliste protsesside olulisusest ökosüsteemide toimimise kujundajana ning võib tulevikus aidata kaasa selliste keskkonnaalastele eeskirjade väljatöötamisele, mis käsitlevad säästvat maakasutust ja ökosüsteemide kohanemisvõime säilitamist.

 

LifePlan Tartu

Struktuuriüksus:
Ökoloogia- ja Maateaduste Instituut
Noortega tegelevad uurimisrühma liikmed:
Leho Tedersoo (leho.tedersoo@ut.ee)
Sten Anslan
Projekti teema lühikirjeldus:
Globaalse projekti LifePlan eesmärk on dokumenteerida elurikkus paljudel proovialadel üle maailma. Meie töörühm Tartus haldab Tartu linnas ja lähiümbruses olevaid projektialasid. Igal nädalal kogutakse andmeid rajakaamerate, audiokaamerate, putukapüüniste ja eosepüüdjatega ning kogutakse mullaproove, et määrata taimede, loomade, seente ja bakterite elurikkus ning nende aktiivsuse muutused aastaaegade kaupa. Omavahel võrreldakse ka linnakooslusi ja metsakooslusi.
Projektist avalikkuses: https://www2.helsinki.fi/en/projects/lifeplan

 

Linnaojad kui väärtuslikud elupaigad: keskkonnageneetika rakendamine kallaste hooldusmeetodite mõju hindamiseks elurikkusele

Struktuuriüksus:
Ökoloogia- ja Maateaduste Instituut, zooloogia osakond, loomaökoloogia õppetool, evolutsioonilise ökofüsioloogia töörühm
Noortega tegelev uurimisrühma liige:
Jürgen Karvak (jurgen.karvak@ut.ee)
Tuul Sepp (tuul.sepp@ut.ee)
Projekti teema lühikirjeldus:
Looduslike elupaikade kadu on üks olulisemaid keskkonnaprobleeme ning peamine põhjus, miks liigirikkus on kiires tempos langemas kogu maailmas. Inimmõju vähendamine looduslikele elupaikadele on seega tänapäeva maailma üheks suurimaks väljakutseks. Tänapäevase looduskaitse üheks prioriteediks on leida viise inimese ja looduse kooseksisteerimiseks viisidel, mis loodust võimalikult vähe kahjustavad. See eesmärk on eriti oluliseks linnastumise kontekstis. Elupaikade kvaliteet ja looduslike liikide mitmekesisus linnades on üheks Euroopa Liidu uueks strateegiliseks looduskaitseliseks eesmärgiks.
Selles kontekstis on olulised linnade rohealad, aga samuti ka nn sinialad – linnaveekogud, mis senises praktikas on pälvinud teenimatult vähe tähelepanu. Samas on linnaveekogud elurikkuse tulipunktideks ning ka olulisteks elupaikade ühendajateks, eriti vooluveekogude korral. Linnaojade kvaliteet elupaigana sõltub lisaks muule ka kallaste hooldusmeetoditest. Kui hooldusrežiim on elurikkust toetav, tähtsustades liigiliselt ja struktuurselt mitmekesist kohalikku taimestikku, vähendab see ka veekogu reostustaset, pakub varju ning veeloomadele vajalikke ressursse. Elurikkust toetav hooldus seisneb kohalike liikide istutamises, reostavate (sh nii helireostus, niitmisest tekkiv õhureostus, pestitsiidide kasutamine jne) hooldusvahendite kasutamise vältimises ning hooldusrežiimis, mis arvestab looduslike liikide bioloogiliste rütmidega.
Mõnes piirkonnas on ka Eesti linnades juba kasutusel maastiku hooldusmeetodid, mis toetavad elurikkust. Samas on praegu tõsine puudus teadusuuringutest, mis seoksid linna vooluveekogude hooldusviisid elupaiga kvaliteedi ja liigirikkusega. Kui sellised andmed oleksid olemas, suurendaks see oluliselt tõenäosust, et elurikkust toetav hooldus võetaks linna vooluveekogude ümbruses laiemalt kasutusele. Sellel võiks olla väga suur positiivne mõju Eesti linnades elavate liikide elupaikade kvaliteedile.
Käesoleva projekti raames on plaanis koguda andmeid vähemalt neljast erinevast linna vooluveekogust, kaasates igast ojast nii elurikkust toetavat hooldusrežiimi rakendavaid alasid kui ka tavapäraseid maastikuhooldusmeetodeid rakendavaid alasid. Liigirikkust ja elupaiga kvaliteeti hinnatakse keskkonnageneetika (eDNA) meetoditega, mis võimaldavad hinnata veekogus olevate liikide arvukust ning omavahelist tasakaalu.
Projekti raames on võimalik läbi viia nii välitöid kui ka kaasaegseid meetodeid rakendavaid laborianalüüse.
Võimalus kaasa lüüa projektis, mis päriselt maailma paremaks muudab!
Projektist avalikkuses:
Töörühma koduleht: adapt.ut.ee
TEDx ettekanne linnaloodusest: https://www.youtube.com/watch?v=_g7U93Be0nc&ab_channel=TEDxTalks
Artikkel linnaelupaikade taastamise kasudest inimesele: https://kultuur.err.ee/1000017/tuul-sepp-looduse-huvede-toomine-linna

 

Optimaalne otsustamine mitme kalibreeritud tehisintellektisüsteemi abil

Struktuuriüksus:
Arvutiteaduse instituut, masinõppe töörühm
Noortega tegelevad uurimisrühma liikmed:
Meelis Kull (meelis.kull@ut.ee)
Mari-Liis Allikivi (mari-liis.allikivi@ut.ee)
Projekti teema lühikirjeldus:
Tehisintellektisüsteeme kasutatakse üha enam nii täiesti autonoomsena, näiteks isejuhtivates sõidukites, kui ka inimest abistavana, näiteks meditsiinis. Et tehisintellekti veel usaldusväärsemaks muuta, on ühe võimalusena võimalik korraga kasutusele võtta mitu süsteemi paralleelselt, sest siis ei pruugi ühe süsteemi eksimine veel vale otsuseni viia. Samas tekib küsimus, et kuidas teha lõppotsus juhul, kui kasutatavad tehisintellektisüsteemid annavad kõik erinevaid ja osaliselt vastuolulisi tulemusi. Varasemalt on kasutatud selleks mitmeid lihtsaid meetodeid, näiteks hääletamine või keskmistamine. Käesoleva projekti eesmärk on luua uus meetod, mis kasutab ära eeldust, et iga süsteem on eelnevalt kalibreeritud vältimaks liigset enesekindlust või ebakindlust.
Projektist avalikkuses:
Töörühma koduleht: https://ml.cs.ut.ee/
Usaldusväärse tehisintellekti arendamisest Tartu Ülikoolis: https://www.youtube.com/watch?v=sNmL9x5e6-w

 

ROBOTONT – Tartu Ülikooli omniliikuv robot

Struktuuriüksus:
Tehnoloogiainstituut
Noortega tegelev uurimisrühma liige:
Karl Kruusamäe (karl.kruusamae@ut.ee)
Projekti teema lühikirjeldus:
ROBOTONT on Tartu Ülikoolis välja töötatud ja pidevalt arendatav avatud robotplatvorm, mida kasutatakse nii meil kui mujal maailmas robootika-alases õppe- ja teadustöös. Tegu on nn avatud platvormiga, mis tähendab, et arendustöö toimub veebikogukonna-põhiselt ning igaüks saab roboti endale ise kokku panna. Robotondi abil saab juba praegu õppida robotite programmeerimist ja katsetada eri tehnoloogiaid, mida näiteks kasutatakse ka isejuhtivates sõidukites, sh 2D- ja 3D-kaardistamine. ROBOTONT on pidevas arenduses: luuakse uusi tarkvaravõimekusi ja riistvarakonfiguratsioone. Projektiga kutsutakse liituma üliõpilasi, kes soovivad omandada praktilisi oskusi robotite riistvara (mehaanika ja elektroonika) ja/või tarkvara vallas. Üliõpilasi juhendavad nii Tartu Ülikooli robotiteadlased ja -õppejõud kui vanemate kursuste üliõpilased.
Projektist avalikkuses: robotont.ut.ee

 

Taasmetsastamine

Struktuuriüksus:
Tehnoloogiainstituut
Noortega tegelevad uurimisrühma liikmed:
Annaliisa Vask
Leho Tedersoo (leho.tedersoo@ut.ee)
Projekti teema lühikirjeldus:
Projekti käigus uuritakse, millised tegevused sobivad kõige paremini selleks, et söötis väheväärtuslikule põllumaale saaks rajada kõrge süsinikusidumisega ja kõrge elurikkusega metsa. Tuvastatakse, kas on võimalik maksta maaomanikule raha selle eest, et ta majandab oma metsa „eeskujulikult“ (nn. süsinikukrediit ja elurikkuse krediit).

 

The mathematics behind the CD and DVD

Struktuuriüksus:
Arvutiteaduste insituut
Noortega tegelevad uurimisrühma liikmed:
Henk D.L. Hollmann (henk.hollmann@ut.ee)
Vitaly Skachek (vitaly.skachek@ut.ee)
Projekti teema lühikirjeldus:
Take a screw driver and make some serious scratches on your favorite CD; then put it back into your CD-player, and play it. (Use a copy, just to be sure!) If this would have happened to one of your old-fashioned Long-Playing (LP) records, the damaged LP would be almost unplayable, producing horrible sounds instead of music. However, the damaged CD will sound as if nothing at all has happened. How is this magic achieved? Well, by mathematics, as it turns out!
The idea of the project is to study and understand some of the modulation coding and error-correcting coding ideas used in the design of the compact disk (CD), DVD, and other digital information transmission systems. Depending on the taste of the students, more practical or more theoretical, we might develop some error correcting software to see some of these ideas in action, or we might try to do some research into a special classes of codes called non-linear product codes.

 

Toidu koostisosade ja toidu päritolu tuvastamine DNA abil

Struktuuriüksus:
Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut, bioinformaatika õppetool
Noortega tegelevad uurimisrühma liikmed:
Kairi Raime
Maido Remm (maido.remm@ut.ee)
Projekti teema lühikirjeldus:
Töötlemata või vähe töödeldud toidus on säilinud piisavalt DNA-d, et selle abil määrata kindlaks toidu koostisosad ja mõningatel juhtudel ka nende päritolu. On tõestatud, et DNA sekveneerimist saab kasutada allergeensete koostisosade (pähklid, seller, lupiin) tuvastamiseks toidust ja mee päritolumaa tuvastamiseks. Projekti raames oleks vaja arendada diagnostilisi meetodeid vastavalt tootjate praktilisele vajadusele. Projektis on pakkuda nii laboratoorset tööd (DNA eraldamine taimedest, sekveneerimiseks ette valmistamine), bioinformaatilist tööd (DNA analüüs, liikide tuvastamine) kui ka statistikaga seotud arendustööd (metoodika toidu koostisosade usaldusväärseks hindamiseks).
Projektist avalikkuses: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fpls.2018.00006/full
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6209200/

 

COVID-19 vaktsiinivastust mõjutavad tegurid

Struktuuriüksus:
Bio- ja siirdemeditsiini instituut, molekulaarpatoloogia uurimisgrupp
Noortega tegelevad uurimisrühma liikmed:
Jaanika Kärner
Kai Kisand (kai.kisand@ut.ee)
Liis Haljasmägi (liis.haljasmagi@ut.ee)
Projekti teema lühikirjeldus:
Alustasime hiljuti peremeditsiini kaasprofessor Marje Oona juhtimisel, ja koostöös Geenivaramuga ning Synlabiga laiaulatuslikku uuringut, mille käigus kutsutakse tagasi geenidoonorid, kes on vaktsineeritud. Kokku saab neid olema umbes 4000. Uuritakse antikehade tasemeid ja osal ka T-rakulist vastust. Peamiselt keskendub see vanemaealistele. Tõenäoliselt annab see meile olulist infot selle kohta, milline on vaktsiinivastus vanemaealistel, milline osakaal on kaasuvatel haigustel, kuidas toimub vaktsiini vastuse dünaamika ja milline on geneetiline faktor. Loodame saada informatsiooni selle kohta, kuidas ja milliste parameetrite abil saaks ennustada vanemaealistel vaktsiinivastust ja kellele oleks vaja tõhustusdoose lisada.
Projektist avalikkuses:
https://kliinilinemeditsiin.ut.ee/et/sisu/longituuduuring-immuunvastus-covid-19-vaktsineerimise-jargselt-ja-sars-cov-2-infektsiooni

 

Parkinson’s disease: Effects upon the brain and the body

Struktuuriüksus
Department of Pharmacology, University of Tartu Institute of Biomedicine and Translational Medicine
Noortega tegelevad uurimisrühma liikmed:

Mahvish Faisal (mahvish.faisal@ut.ee)

Maili Jakobson (maili.jakobson@ut.ee)

Miriam Hickey (miriam.ann.hickey@ut.ee)

Projekti teema lühikirjeldus

 

Parkinson’s disease is the most common neurodegenerative movement disorder. The most well-known symptoms of Parkinson’s disease are slowed movements, tremor and stiff muscles.

Traditionally, Parkinson’s disease is associated with the loss of dopamine neurons in brain, and indeed, when dopamine is replaced, some of these movement problems are relieved.

However, Parkinson’s disease (PD) is much more than this – patients also show problems with smell, sleep and sweating, they show constipation and urinary problems, and pain and skin complaints are common.

Indeed, the role that skin plays is a novel research topic in PD. Proteins that clump together in PD brain are also found in skin but why and how skin is affected in PD is unclear.

In the Hickey laboratory, we are interested in how Parkinson’s disease affects the skin and how these changes relate to the changes in brain.

Students will first be trained in basic brain and skin anatomy and histochemical and immunohistochemical techniques. The students will be trained in how to analyse their data. The students will also complete a brief review of relevant research articles. The students will then examine expression of specific proteins in brain and skin cells from models of Parkinson’s disease. Thus, the students will have a concrete project where they will work on collecting, analysing and reporting data.

Prior research experience is not necessary, we will be happy to teach our students all of the necessary skills

Projektist avalikkuses
https://biomeditsiin.ut.ee/en/content/laboratory-neurodegenerative-disease-therapeutics
Pakutavad ülesanded
Students will work with supervisors within the laboratory. The work is flexible and will be organised according to the students’ schedules.
Osalema oodatud

1-2 students are welcome.

If you are interested in medicine, diseases of the brain and how they effect the entire body, then this project is for you!

 

Ravimsõltuvuse epigeneetilised mehhanismid ja uued ravivõimalused

Struktuuriüksus
Tartu Ülikooli bio- ja siirdemeditsiini instituut, farmakoloogia osakond
Noortega tegelevad uurimisrühma liikmed:
Kerda Pulk (kerda.pulk@ut.ee)
Anti Kalda
Projekti teema lühikirjeldus

Epigeneetika on teadusharu, mis selgitab ümbritseva keskkonna mõju geenide avaldumisele. Ka ravimite või narkootikumide kasutamine võib geenide avaldumist mõjutada läbi epigeneetiliste modifikatsioonide. Epigeneetilised modifikatsioonid võivad mõjutada toime avaldumisest, kõrvaltoimete teket ja ka sõltuvuse väljakujunemist. Antud projektis keskendume epigeneetilisele modifikatsioonile nagu DNA metüülimine ja demetüülimine, mida seostatakse pikemaajaliste muudatustega geeniekspressioonis. Projekti raames on võimalik töötada kahe erineva teemaga.

Esiteks tegeleme kanepi peamise psühhoaktiivse komponendi delta-9-tetrahüdrokannabinool (THC) mõju hindamisega DNA metülatsiooniprotsessile. Soovime teada saada, kas need muutused DNA metüülimises võivad olla seotud ka kanepi sõltuvuse tekkega. Teiseks suunaks on uurida, kas aktiivsus- ja tähelepanu häire (ATH) raviks kasutatavad ravimid mõjutavad DNA metülatsiooniprotsessi ja mis võiks olla selle mõju ATH ravi efektiivsusele ja kõrvaltoimete avaldumisele. Ravimsõltuvuse molekulaarsete mehhanismide selgitamine aitab väljatöötada uusi sõltuvusevastaseid ravimeid.

Pakutavad ülesanded
Esmased tööd on seotud rakukultuuriga. Hiljem võivad lisanduda erinevad ülesandeid, kui tudeng on huvitatud. Ajakulu sõltub sellest, kui palju tudeng ise on valmis panustama.
Osalema oodatud
1-2 tudengit, meditsiiniteaduste valdkonna õppekavadelt, geenitehnoloogia

 

Tartu farmaatsia ajaloo lätetel: esimene apteek Tartu

Struktuuriüksus:
Farmaatsia instituut
Projekti teema lühikirjedus:
Aastal 1422 esmakordselt mainimist leidunud Tallinna Raeapteek tähistab varsti oma 600. aastapäeva ja on kogu maailmas ainulaadne, olles kogu selle aja tegutsenud ühes ja samas, praegugi eksisteerivas hoones. Ajalooürikutest on teada, et samal aastal kutsuti Tallinna apteeker Tartussegi apteeki looma. Ei ole aga kuigi palju teada selle apteegi sünniloost ja edasisest käekäigust, senini teada olev on üpris fragmentaarne. Uurimuse eesmärgiks ongi välja selgitada võimalikult palju Tartu esimese apteegiga seonduvat.
Uurimiskeskuse lühikirjeldus: https://www.farmaatsia.ut.ee/et

 

Ravimite 3D-printimine

Struktuuriüksus:
Farmaatsia instituut
Noortega tegelev uurimisrühma liige:
Laura Viidik (laura.viidik@ut.ee)
Projekti teema lühikirjeldus

3D-printimine on viimastel aastatel leidnud oma tee mitmetesse teadusvaldkondadesse, sh meditsiini ja farmaatsiasse. Farmatseutilises tehnoloogias loodetakse sellest vahendit ravimite personaliseeritumaks muutmisel. 3D printimine võimaldab paindlikumalt toota erinevate vajadustega patsientidele erinevate annustega ravimeid ning välja töötada uudseid ravimkandursüsteeme.

Projekt pakub võimaluse osaleda ravimkandursüsteemi välja töötamise esimestes etappides: uurida polümeermaterjalide omavahelist sobivust, ainete füsikokeemilisi omadusi ning võimalikke muutuseid protsessi käigus, sobivust süsteemi lisatava toimeainega ning selle vabanemist ravimkandursüsteemist.

Uurimiskeskuse lühikirjeldus: https://www.farmaatsia.ut.ee/et

 

Periodondiit ja biokeemia

Struktuuriüksus:
Bio- ja siirdemeditsiini instituudi biokeemia osakond
Noortega tegelev uurimisrühma liige:
Tiiu Kullisaar (tiiu.kullisaar@ut.ee)
Projekti teema lühikirjeldus:
Igemepõletik (periodondiit) on siiani lõplikult lahendamata haigus, millega kaasneb nii luukoe resorptsioon, valu sündroom ja tugev  oksüdatiivne stress. Uurimistöö eesmärgiks on uurida neid seoseid.

 

Metaboloomika

Struktuuriüksus:
Bio- ja siirdemeditsiini instituudi biokeemia osakond
Noortega tegelev töörühma liige:
Rando Porosk (rando.porosk@ut.ee)
Projekti teema lühikirjeldus:
Metaboloomika on kiirelt arenev teadusharu, mis koos genoomika ja transkriptoomikaga võimaldab saada paremat ülevaadet organismis toimuvatest protsessidest. See keskendub organismi rakkudes, biovedelikes ja kudedes leiduvate madalmolekulaarsete ühendite ehk metaboliitide identifitseerimisele ja nende kontsentratsioonide kvantifitseerimisele. Antud metoodika abil on võimalik teada saada, milliste metaboliitide osakaal on muutunud võrreldes terve organismiga ja rakendada seda infot haiguste varajaste biomarkerite kindlakstegemiseks, haiguste diagnoosimiseks ning ravi kulu jälgimiseks.

 

Hämmastav immunoloogia

Struktuuriüksus:
Bio- ja siirdemeditsiini instituudi biomeditsiini osakond
Noortega tegelevad töörühma liikmed:
Kai Kisand (kai.kisand@ut.ee)
Liis Haljasmägi (liis.haljasmagi@gmail.com)
Projekti teema lühikirjeldus:
Immunoloogia edusammud on võimaldanud saavutada  läbimurdeid mitmete raskete haiguste ravis. Näiteks vähi immuunoteraapia nn „kontrollpunkti inhibiitoritega“ on võimaldanud terveks ravida ka viimases staadiumis oleva vähiga patsiente. Immunoloogiliste mehhanismide tundmine on tänapäeval oluline kõikidel arstlikel erialadel.
Pakume võimalust liituda erinevate uurimisteemadega meie laboris: immuunsüsteemis toimuvad muutused vananemise ja krooniliste põletikuliste haiguste korral (psoriaas, süsteemne erütematoosne luupus, vitiliigo), biomarkerid immuunravi edukuse prognoosimiseks, autoantikehad diagnostiliste markeritena, autoimmuunsuse mehhanismid loommudelites.

 

Reetina periflebiidiga sclerosis multiplexi patsientide immunoloogilise profiili ja võimaliku immuunpatofenotüübi täpsustamine

Struktuuriüksus:
TÜ molekulaarpatoloogia uurimisgrupp koostöös TÜ närvikliinikuga
Noortega tegelevad uurimisrühma liikmed:
Janek Vilisaar (janek.vilisaar@kliinikum.ee)
Kai Kisand (kai.kisand@ut.ee)
Projekti teema lühikirjeldus:
Sclerosis multiplex (SM) ehk hulgiskleroos on heterogeense immuunmehhanismiga kesknärvisüsteemi
autoimmuun-põletikuline haigus, mis on vahendatud nii rakulise immuunsuse kui antikehade poolt. SM
immuunpatogeneesi kohta individuaalstel juhtudel on seni vähe kliinilisi markereid. Reetina periflebiit (RP) võib osutuda kliiniliselt kasutatavaks markeriks ühel SM alagrupi haigetel, olles lihtsalt ja odavalt tuvastatav silmapõhja vaatlusel. Töö eesmärgiks on uurida RP seost SM aktiivsusega, hinnata RP kollete seost hiljutikirjeldatud meningeaalsete (ajukestadel paiknevate) kolletega SM puhul, iseloomustada prevaleeruvaid immuunmehanisme RPga ja meningeaalsete kolletega SM haigetel.
Töö immunoloogiline osa uurib RPga ja ilma RPta SM patsientide seljaajuvedelikus ja veres immuunrakkude populatsioone, samuti erinevate kesknärvisüsteemi, veenide sisekesta kui infektsioonitekitajate antigeenide vastu suunatud autoantikehade esinemist. Autoantikehade repertuaari täpsustamiseks on plaanis välja töötada antigeenide paneel kasutades sealjuures lutsiferaasil põhinevat immuun-pretsipitatsioonimetoodikat (LIPS).

Rahvuslik identiteet ja Eesti-Venemaa suhted: pikiuuring eliitide ja masside diskursuste kohta

Struktuuriüksus:
Johan Skytte poliitikauuringute instituut
Noortega tegelev uurimisrühma liige:
dr Alar Kilp (alar.kilp@ut.ee)
Projekti teema lühikirjeldus:
Rahvusvaheliste suhete distsipliini konstruktivistlikus käsitluses on Venemaa ja Balti riikide, eriti Eesti, omavahelised suhted olnud oluliseks uurimisvaldkonnaks. Senised tulemused näitavad, et mõlema poole rahvusliku identiteedi dünaamika tajutavalt mõjutab konflikti- ja ajutise koostöö mustreid. Et olemasolevad uuringud käsitlevad eliitide rahvusliku identiteedi diskursusi, on meie projekti eesmärk luua ulatuslik interpreteeriv andmestik, mis hõlmab laiemaid ühiskondlikke diskursusi. Projekt on osa globaalsest võrgustikust „Making Identity Count“, mis hetkel hõlmab ainult suurvõime. Eesti kohta käiva andmebaasi loomise ja olemasoleva Venemaa andmestiku laiendamise tulemusel saab uurimisrühm anda hinnangu kahepoolsetele suhetele, tuginedes kahe riigi identiteetide võrdlevale analüüsile läbi aja. See võimaldab välja selgitada asjaolud, mille korral ühiskondlikult juurdunud rahvuslik identiteet võib mõjutada välispoliitikat, mida saab kasutada poliitikakujundamisel ning riskianalüüsiks.
Projektist avalikkuses:
https://www.etis.ee/Portal/Projects/Display/df35aa0f-1010-4884-b7aa-b423f8f09026
https://ceurus.ut.ee/home/projects-publications/current-projects/

 

Avalikud väärtused Eesti sotsiaalpoliitika

Struktuuriüksus:
Ühiskonnateaduste instituut
Noortega tegelev uurimisrühma liige:
Mare Ainsaar (mare.ainsaar@ut.ee)
Projekti teema lühikirjeldus:
Projekt uurib meediatekstide abil Eesti sotsiaalpoliitikas väärtusi 1997-2007. Selleks kasutatakse avalikus meedias ilmunud väljaandeid, mida analüüsitakse kvantitatiivselt ja kasutatades diskusrsusanalüüsi.

 

Euroopa Sotsiaaluuring

Struktuuriüksus:
Ühiskonnateaduste instituut
Noortega tegelev uurimisrühma liige:
Mare Ainsaar (mare.ainsaar@ut.ee)
Projekti teema lühikirjeldus:
Euroopa Sotsiaaluuring (ESS) on rahvusvaheline sotsiaalteaduslik uuring ja teadustaristu paljudele erialadele. ESS eesmärgiks on tagada ühiskondade arengu ja inimeste käitumise uurimiseks kõrge kvaliteediga andmestik. Kogutud andmed võimaldavad analüüsida hoiakute, institutsioonide arengu ja inimeste käitumise vahelist seost ning andemete kogumise metoodikaid.

 

“Liikuma kutsuv kool” koostöös TÜ Liikumislaboriga

Struktuuriüksus:
Ühiskonnateaduste instituut ja Liikumislabor
Noortega tegelev uurimisrühma liige:
Marko Uibu (marko.uibu@ut.ee)
Projekti teema lühikirjeldus:
Projekti käigus kaardistame parimaid praktikaid koolides, kus püütakse tuua koolipäeva rohkem võimalusi liikumiseks ja vähendada istumisaega. TÜ ÜTI uurimisrühm uurib kestlikke liikumissõbralikke praktikaid koolides - mis on nende elujõulisuse põhjused ja kas neid annab üle kanda teistesse koolidesse. Tudengitele pakume juhendamist ja tiimitööd just nimetatud parktikate lähemaks uurimiseks.

 

Üldpädevuste arendamine gümnaasiumis

Struktuuriüksus:Tartu Ülikooli 
Haridusteaduste instituut  
Noortega tegelev töörühma liige:  
Margus Pedaste (margus.pedaste@ut.ee)  
Projekti teema lühikirjeldus:  
Gümnaasiumi riiklikus õppekavas on nimetatud kaheksa üldpädevust, mida võib vaadelda ka kui tulevikupädevusi. Need kirjeldavad teadmisi, oskusi ja hoiakuid, mida tuleks omandada, arendada ja kujundada läbi gümnaasiumiõpingute erinevate ainekursuste raames, aga ka väljaspool tunde. Nendest sõltub suuresti koolilõpetajate edukus edasiõppimisel, tööturul ja isiklikus elus. Üldpädevustele keskendumine aitab meil saada paremateks inimesteks. Samas on üldpädevused riiklikes õppekavades juba pikemat aega ja soovitud muutusi pole piisavalt märgata. Seetõttu keskendubki Tartu Ülikooli gümnaasiumi üldpädevuste arendamise projekt kuuele üldpädevusele. Meie eesmärgiks on täpsemalt määratleda iga pädevuse sisu, arendada välja pädevuste hindamisvahendid, hinnata muutusi gümnaasiumi vältel, välja töötada ja katsetada erinevaid meetodeid üldpädevuste arendamiseks ning hinnata nende mõju. 2019. aasta kevadeks on projekt kestnud kaks ja pool aastat ning meil on olemas hindamisvahendid, hinnatud pädevuste taset 10. ja 11. klassis, välja arendatud arendamismeetodid ja testitud neid 11. klassis. Ees on ootamas täiendav arendamismeetodite testimine 12. klassis ja uus üldpädevuste hindamine.  

 

Eksperimentaalpsühholoogia labor

Struktuuriüksus:
Psühholoogia instituut
Noortega tegelev töörühma liige:
Kairi Kreegipuu (kairi.kreegipuu@ut.ee)
Projekti teema lühikirjeldus:
Tänapäevane psühholoogiateadus ei ole enam ammu ainult inimestega vestlemine, vaid sageli tehakse eksperimentaalselt kogutud mahukate andmemassiivide  pealt järeldusi inimese tegevuse ja tunnetuse kohta. Peamiselt küsime, millisele informatsioonile tuginedes inimene otsuseid langetab ja kuidas see on seotud hetkeseisundiga?  Eksperimentaalpsühholoogia kasutab nendele küsimustele vastamiseks käitumuslikke ja ka ajukuvamise meetodeid.

 

National Identities in a (Post-)Imperial Context: Towards an Intersubjective Identity Database Comparing Estonia and Russia

Struktuuriüksus:
Johan Skytte poliitikauuringute instituut
Nooretega tegelev töörühma liige:
Alar Kilp (alar.kilp@ut.ee)
Projekti teema lühikirjeldus:
Since 2016, a team of scholars from the University of Tartu has taken part in the global network "Making Identity Count" (MIC). Its ambition is to empirically reconstruct the central categories of national identity of several countries for a number of years, starting with the period of 1950–2010 and eventually extending the time frame back to 1810. The Tartu team has so far focused on Russia; it has created a Russian National Identity Database with several thousand of raw codes, and produced seven National Identity Reports. The plan for the next five years is to create a National Identity Database on Estonia. This involves identifying the most widely attended media and elite statements, and a careful sampling and analysis of texts and audio-visual materials. As a rule, the sample includes political speeches, mass media (newspapers, other types), school history textbooks and popular nonfiction, novels and films, but the selection may vary depending on the period. The sampled material is coded according to the standard MIC procedure, and the codes are then processed to create a mapping of national identity discourses for each sampled year.

 

Tarbijakäitumise labor

Struktuuriüksus:
Majandusteaduskonna turunduse õppetool ja psühholoogia instituut
Noortega tegelev uurimisrühma liige:
Andres Kuusik (andres.kuusik@ut.ee)
Projekti teema lühikirjeldus:
Majandusteaduskonna turunduse õppetool pakub võimalust koos psühholoogia instituudi teadlastega uurida tarbijate käitumise salamaailma. Reaalses poekeskkonnas on võimalik uurida, kuidas kliendid poes käituvad ja kuidas nende käitumist ja valikuid lihtsamaks muuta ja ka mõjutada. Mida saab teha selleks, et kliendid tervislikumaid valikuid teeksid? Kuidas panna kaup riiulile välja nii, et klient enda jaoks õige valiku kiiresti üles leiab? 

 

Tarbijate õiguste kaitse terviseäppide puhul

Struktuuriüksus:
Õigusteaduskond
Noortega tegelev uurimisrühma liige:
Karin Sein (karin.sein@ut.ee)
Projekti teema lühikirjeldus:
Terviseäpid (Healthapps) ja nendega seonduvate tarbijaõiguslike probleemide analüüs
Projektis anaüüsitakse järgmiseid küsimusi: millist tüüpi terviseäppe tarbijad kasutavad ja millised on suurimad riskid, mis nende kasutamisega seonduvad? Millised erinevad Euroopa Liidu ja siseriiklikud õigusaktid terviseäppidele kohalduvad? Millised kohustused tulenevad neist äppide arendajatele/turustajatele ning millistele nõuetele peavad need vastama? Kas ja milliseid nõudieid saab tarbija arendaja/turustaja vastu esitada, kui antud digitaalne teenus ei vasta tarbija ootustele?
Eesti 71. füüsikaolümpiaad

Selgusid Eesti 71. füüsikaolümpiaadi lõppvooru tulemused

Saksa keele olümpiaadi lõppvooru võistlejad

Saksa keele olümpiaadi lõppvoorus tutvusid õpilased saksa noortekirjandusega

Usundiolümpiaadi lõppvooru kuldmedalite omanikud

Usundiõpetuse olümpiaadi lõppvoorus arutlesid võistlejad maailmavaadete ja religioonide üle muutuvas maailmas